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cxyuan09

金虫 (正式写手)


[资源] 【cxyuan09个人文集】一个在linux下批量产生cube文件的小程序

由于linux生成cube(可以用GV读入.cube文件直接画分子轨道)的速度比在windows下快得多,如果要画大量的分子轨道,可以用本程序在linux批量产生。

程序内容如下:

#!/bin/csh
foreach j ( $argv )
@ i=27
while ( $i <= 39 )
cubegen 0 mo=$i $j.fchk ${j}_$i.cube 0 h
@ i++
end
end

使用方法:
1、在linux下创建程序文件: 比如命名为mos.csh
2、把上述程序内容粘贴进去,保存退出
3、为程序增加可执行属性:  chmod +x mos.csh
4、程序执行方式:
./mos.csh filename

注意:
1、filename不用加扩展名.fchk,
2、需要事先将chk文件转化为fchk文件,批量转化chk文件可参考我之前一个帖子中我回复的内容
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2082151&fpage=1&view=&highlight=&page=2


本例中,将产生某分子从第21低能量的轨道到第39低能量的轨道,大家可以根据需要修改。

如果有很多同分异构体,需要看它们的价轨道,可以多输入几个文件名,使用方式:
./mos.csh filename1 filename2 filename3 ......

注意:filename不用加扩展名“.fchk”

如果觉得有用,别忘了五星支持啊!

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-9-25 at 15:09 ]
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)


你们是学编程的? 这么厉害呀!! 我什么时候能达到你们徒弟的水平啊!
5楼2010-09-23 18:34:20
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查看全部 13 个回答

bitgreen

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

★ ★
erylingjet(金币+2):感谢交流! 2010-09-23 18:28:47
建议把
cubegen 0 mo=$i $j.fchk ${j}_$i.cube 0 h
中的$j.fchk 改成$j
这样既可执行
./mos.csh *.fchk来批量处理目录下的所有fchk
4楼2010-09-23 17:48:32
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hairan

木虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by bitgreen at 2010-09-23 17:48:32:
建议把
cubegen 0 mo=$i $j.fchk ${j}_$i.cube 0 h
中的$j.fchk 改成$j
这样既可执行
./mos.csh *.fchk来批量处理目录下的所有fchk

我看了看程序
如果把$j.fchk 改成$j的话,后面生成的cube的文件名就需要额外的语句来处理了,否则不利于资料整理
6楼2010-09-24 14:15:42
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bitgreen

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by hairan at 2010-09-24 14:15:42:


我看了看程序
如果把$j.fchk 改成$j的话,后面生成的cube的文件名就需要额外的语句来处理了,否则不利于资料整理

简单,把$j用cut切前半部分输出
7楼2010-09-24 14:40:53
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