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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[交流] 【求助完毕】硫酸根离子的结构优化,偶极修正及势能修正。已有2人参与

SO4放在1nm边长的立方盒子中间,中性分子簇价电子数为30.

对于离子的计算,按照结构优化和自洽计算两个阶段是否带电可分为一下四种情况

带电(NELECT=32)
不带电(NELECT=30)

        结构优化        静态自洽计算   
A)     带电                 带电              E1=-35.994eV
B)   不带电             带电              E2=-35.765eV
C)   带电               不带电           --
D)  不带电            不带电            E4=-26.539eV

以上结果说明,硫酸根是可以稳定单独存在的。而且,结构优化是否带电对体系基态是有显著影响的,二者能量差|E1-E2|=0.23eV.

但是这里没有加偶极修正。

在结构优化和自洽计算都带电且考虑偶极修正(NELECT=32, IDIPOL=4)后,在静态自洽文件夹中:
grep "TOTEN" OUTCAR

free energy TOTEN =  -34.6451eV
*********** adding dipol energy to TOTEN NOW *************
free energy TOTEN = -28.091eV

看起来考虑偶极修正后,差异还是很大的。

问题:
(1)对于slab结构吸附带电离子,结构优化和静态计算的时候需要加电荷。在结构优化的同时就需要考虑偶极修正(slab IDIPOL =1~3,带电小分子 IDIPOL=4)?这样计算好像要慢很多,各位一般是怎么做的?

(2)还有一项势能修正(LDIPOL=.TRUE.),这个手册上说对于带电体系只对立方盒子有效。因为带电体系要做四极矩修正,这个只能在立方盒子超胞下才能做的。但是大部分超胞吸附模型都不是立方盒子,比如我的是六方的。吸附结构引入高介电常数的底材,势能修正项是否可以忽略呢?各位在计算的时候一般是怎么考虑势能修正这一项的呢?

(3)偶极修正(dipol correction)好理解,势能修正(potential correction)是什么意思呢?

(4)手册上讲:For charged cells or for calculations of molecules and surfaces with a large dipole moment, the energy converges very slowly with respect to the size L of the supercell.

...for charged systems with excess electrons more reliable results can be obtained if the energy after correction of the linear error (1/L) is plotted against 1/L^3 to extrapolates results manually for L->infinite.
这个多级矩修正与超胞尺寸L的关系怎么理解呢?

完全蒙。请过路高手跟帖解惑或者提供参考资料。

[ Last edited by cenwanglai on 2010-10-22 at 19:45 ]
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水之源

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-04-18 10:30:49:
没明白你的意思。
这里的教程是官方vasp手册。

恩,请问能把关于离子建模这一块的详细教程给我发一份吗?谢谢~
上善若水饮水思源
19楼2011-04-18 10:37:46
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

问题更新了,希望大家给给予帮助!
3楼2010-09-21 09:12:41
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

结构优化与自洽计算的区别是什么呢,结构优化不需要自洽计算么?
心之所向无惧无悔
5楼2010-09-25 17:59:11
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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

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引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-09-25 17:59:11:
结构优化与自洽计算的区别是什么呢,结构优化不需要自洽计算么?

呵呵,我的说法过于简化了。

结构优化需要自洽。我在一楼说的自洽计算是指结构优化后的静态自洽计算,k点加密了的。对于分子或者小的离子,我还是在Gamma点结构优化的基础上加密K点做静态自洽计算来算能量的。

[ Last edited by cenwanglai on 2010-9-25 at 19:00 ]
6楼2010-09-25 18:58:12
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