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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】Gaussian09的内存控制很奇特？
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sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

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引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-09-19 16:54:09:


这个很可能与gaussian的并行效率有关。我在学校公共节点上运行，可能会涉及到跨节点并行，因此有这样的情况，但我在本地4核linux下运行，就完全显示正确。

你说的"但我在本地4核linux下运行，就完全显示正确"
是Gaussian09版本吗？
我也在I7920（四核八线程）上测试过
还是内存使用率很低（尽管内存设置很大）
你的为什么就完全显示正确？
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谋事在人成事在天
21楼2010-09-20 10:42:56
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
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引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2010-09-20 10:42:56:

你说的"但我在本地4核linux下运行，就完全显示正确"
是Gaussian09版本吗？
我也在I7920（四核八线程）上测试过
还是内存使用率很低（尽管内存设置很大）
你的为什么就完全显示正确？

我的是03E的，09只是在公共节点上用过。本地还没有license
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惺惺相惜情不自禁
22楼2010-09-20 10:54:56
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
★
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我好像有点明白了：出现上述情况的原因，是不是Gaussian公司太贼了的缘故？猜猜而已。
因为我也在Win下用G03，所以内存占用显示是正常的。然而，由于现在的新型多核CPU的大量上市，本质上导致了G03的一些版本可以进行不需使用Linda的并行运算，提高了计算效率——而这却不是Gaussian公司所愿意看到的——因为这样会导致他们能赚的钱减少。因而，G09面世后，Gaussian公司可能已经掐掉了G03原有的一些潜在的并行功能，故而导致了楼主所见到的结果。如果，真是如此的话，那G03的有些版本可能就是绝版的非并行成本下购买到的具有一定并行功能的G了。不知这样的判断对否？

[ Last edited by quantumor on 2010-9-20 at 12:15 ]
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愿好运与快乐伴随你！
23楼2010-09-20 12:13:25
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calfwoo

金虫 (小有名气)
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楼上理解可能不对。

俺这么理解：
在win下显示应该都会正常的。因为windows系统保护比较严密，但方法“粗暴”，Gaussian设定内存，只要能给，系统就给你划出来，让gaussian自行“处置”那些内存。
而linux系统则不同，gaussian当时用到多少才分配多少，最大可用到你输入文件的设定值；用不到的，linux收回，不会留给gaussian“任意霸占”。

对于楼主叙述的情况，我在14楼“猜想”了下。
对与不对，楼下继续讨论或求证，哈。
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24楼2010-09-20 13:05:40
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cxyuan09

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Originally posted by calfwoo at 2010-09-19 18:26:26:
有没有这种可能？：

STO-3G计算时，一样相关的数据只存于内存；
而后来发展的基组计算时，都将那些数据存于rwf文件。

纯属瞎猜。


恭喜你，猜对了！
sto-3g的基组的基函数数量比较小，
对楼主但前的计算体系能把所有的积分都装在楼主在%mem项目设置的内存中，
Gaussian09就执行效率最高的in core模式
使用其他的基组时，基函数数量增大，
Gaussian09无法把所有的积分都写在内存中，
因此只占用了当前计算方法所需最小数量的内存
其他的都写在临时文件中

[ Last edited by cxyuan09 on 2010-9-21 at 21:01 ]
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25楼2010-09-21 20:59:34
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sculhf

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断翼天使

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引用回帖:
Originally posted by cxyuan09 at 2010-09-21 20:59:34:



恭喜你，猜对了！
sto-3g的基组的基函数数量比较小，
对楼主但前的计算体系能把所有的积分都装在楼主在%mem项目设置的内存中，
Gaussian09就执行效率最高的in core模式
使用其他的基组时，基函 ...

如果是这样的话
还真可以说的通
可以解释目前的问题
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谋事在人成事在天
26楼2010-09-22 10:14:27
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zml2009

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在xp下计算大分子体系时内存设置和以前计算小分子时一样，但计算时间长了，电脑反应就会很慢，请问是不是所给的内存不够算大分子体系才会导致计算过程中出现电脑像死机一样反应很慢的情况？
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27楼2010-10-18 10:53:06
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sculhf

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断翼天使

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引用回帖:
Originally posted by zml2009 at 2010-10-18 10:53:06:
在xp下计算大分子体系时内存设置和以前计算小分子时一样，但计算时间长了，电脑反应就会很慢，请问是不是所给的内存不够算大分子体系才会导致计算过程中出现电脑像死机一样反应很慢的情况？

xp下计算大分子体系?
有没有搞错啊？
简直不可能
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谋事在人成事在天
28楼2010-10-18 11:27:06
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zml2009

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Quote:
Originally posted by zml2009 at 2010-10-18 10:53:06:
在xp下计算大分子体系时内存设置和以前计算小分子时一样，但计算时间长了，电脑反应就会很慢，请问是不是所给的内存不够算大分子体系才会导致计算过程中出现电脑像死机一样反应很慢的情况？  



xp下计算大分子体系?
有没有搞错啊？
简直不可能

本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2415059&pid=1229574&page=3#pid1229
其实我说的是十几个苯环连在一起，也就六七十个原子以上，这也不算大啊！请问这种体系也不行吗？
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29楼2010-10-18 14:57:28
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