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piaoxue001木虫 (正式写手)
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【求助】vasp优化团簇出错 求Pd的INCAR文件 已有2人参与
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exit status of rank 1：killed by signal 11 。 请问这是怎么回事？ [ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-18 at 11:17 ] |
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valenhou001
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+2):谢谢回复。国庆假期愉快！ 2010-09-30 09:05:20
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这种问题很多情况下与你计算安装的mpi、计算集群的网络、vasp的并行编译等相关。与vasp的输入文件关系不大。 当网络间数据交换比较大时，超过了mpi的buffer大小时，好像很容易出现此类错误。mpi的1.0版本的遇到此类问题的比较。mpi 2.0版本的有所改善。 20原子的体系，在一个4核4G的机器上，如果ENCUT不是非常大，k点不是非常多的情况下，一般都是可以计算得起来的。 建议从下面几点去找解决方法： i) 参考这里 http://software.intel.com/en-us/forums/showthread.php?t=57064 测试所安装的mpi，看它能否正常得运行mpi程序包自带的测试例子； ii) 测试vasp计算一个很小的体系， mpi的方式运行，但只有一个节点。把它同串行编译得到的模块的执行情况进行比较。 iii)同样的体系，测试采用不同节点时的运行情况。 iv) 安装和测试一个支持mpi 2.0版本的 mpi (比如mpich2或openmpi) 在贴出你的问题时，详细列出你mpi的版本，以及安装情况。 |
21楼2010-09-30 09:01:28
piaoxue001
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2楼2010-09-17 21:00:21
calos818
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3楼2010-09-17 21:30:55
piaoxue001
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优化大团簇时，我也认为是超负载了 后来试了一下Pd5的还是这个问题。 以下是INCAR KPOINTS POSCAR文件 SYSTEM=Pd38 ENCUT=270 ISTART=0 ICHARG=2 NSW=100 IBRION=2 PREC=Accurate Automatic mesh 0 G 1 1 1 0 0 0 system=Pd38 1 30.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 30.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 30.000000000000000 38 direct 0.4629252752788721 0.5616948352295882 0.6707640444643583 0.5465478230122054 0.4338832067629213 0.4702994818976922 0.5744990819455389 0.5270870873629213 0.6032497969976918 0.4333739811455388 0.6570604710962547 0.4401341109976922 0.5695184941122056 0.5634122973629214 0.4427157540643589 0.3875017984455368 0.3981881124629214 0.4955416194976921 0.3234987950455368 0.5028416448295880 0.6057023985643583 0.5055142131788722 0.6680635790962546 0.5528767217643588 0.3464696868455368 0.6323701602629214 0.5781183763310255 0.4596422018788721 0.4091916519629213 0.6082844518976917 0.3185168440788701 0.5391670510962549 0.4451679270643589 0.3860815941122035 0.5866617314629214 0.3974834738643589 0.3711649247455368 0.5732640625629214 0.6486546802310249 0.3626766025122035 0.4570132671962546 0.4252400405310255 0.4300908432122055 0.5045592110962547 0.3776530817310255 0.4792755621788722 0.3865528478962547 0.5177661992976922 0.2989744700122035 0.5618478034962547 0.5352518273976922 0.5254212019788722 0.6452839937629213 0.4625508496310256 0.4137408404788722 0.6796988835629215 0.5306521936310256 0.5940428412122055 0.5044061944629213 0.5131662928976922 0.3675948343455368 0.4209682859962546 0.5858675995643589 0.5303392110122055 0.6092403495295881 0.6231772772310249 0.5069342795122056 0.4795922053962546 0.6509339520976917 0.5218527893788723 0.4929897573962547 0.3997628979643588 0.3303522946455368 0.4733050464629213 0.5143288412976922 0.4556354204122055 0.4347023867629213 0.4382560826310256 0.5367401792122054 0.4473725137295880 0.5652252058310255 0.5626643156122054 0.5929483212629214 0.5340892992976922 0.3562760611455368 0.6188810467295881 0.4831926858310255 0.4114083680122035 0.4860719879629213 0.6412749697643584 0.4816085300788721 0.5801813999962547 0.4071423618643589 0.4373812376455389 0.6315508087295879 0.6101617868310250 0.5016337307122055 0.5158925480295881 0.4905155699643589 0.4105967472788701 0.5274605464629214 0.4684367361976922 0.4578590743122055 0.5971351891629214 0.5103500595976922 0.3913821804455368 0.5503602563295881 0.5579024386310255 0.4824206038455388 0.5387922195295881 0.5799823551310255 0.4351576879788722 0.4691198259295880 0.5380669846976922 |
4楼2010-09-18 08:18:33