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wanfei

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】晶包的问题

我在学习MS,所以按照别人的文章在做鸟嘌呤分子与C纳米管的吸附,我想问下我对C纳米管,C纳米管-鸟嘌呤,用的是超晶包,可是不知道单独的鸟嘌呤分子需要把它放在晶包里算吗?如果不放,那么它就是非周期性的,K点没办法设置为1*1*3. 而C纳米管,C纳米管-鸟嘌呤模型是周期性的,计算的K点设置为1*1*3的.我现在把鸟嘌呤分子放在晶包里和不放的都算了,结合能量结果是放在晶包里的比较好,不放的结果相差大(和别人用高斯计算的结果比较的),可是别人都说应该不放,我都不知道该选取哪个?希望大家指点下,谢谢!
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水座

铁杆木虫 (小有名气)

★
wuli8(金币+1):3ks 2010-08-22 20:01:52
其实用DMol的话周期性和非周期性的结构都能计算,我觉得如果是单个分子的话放不放在晶胞里都行,两者结果不会相差很大。至于楼主说的和高斯的结果相比不知差了多少?也有可能是其他参数的影响而使结果产生了误差
2楼2010-08-22 19:46:48
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wanfei

金虫 (小有名气)

可是我把鸟嘌呤分子放在晶包里和不放的都算了
,结果相差20KJ/mol,这是为什么?放在晶包里的结果与高斯的结果基本一样,不放就相差20KJ/mol。鸟嘌呤分子能量-542.6173733a。u。(不放晶包里
);-542.6098979a。u。(放晶包里)相差挺大的
3楼2010-08-23 10:53:07
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wanfei

金虫 (小有名气)

可能K点设置不同吧,非周期性的,K点没办法设置为1*1*3,而周期性的可以。我后面C纳米管-鸟嘌呤模型是周期性的,计算的K点设置为1*1*3的
4楼2010-08-23 10:55:20
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