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木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助/交流】如何计算杂交的严谨度。

我是作植物荧光原位杂交的，近来先了解如何确定杂交探针的杂交严谨度（如85%的严谨度，就是指有15%的序列错配可能），他应该和southern相似，比如我用400bp 长度的探针做杂交其他条件如下：
GC content of probe is 40%,
The hybridization mixture consisted of 50% formamide, 2xSSC, and was denatured at 70 C for 10 min,
Washing in 2xSSC, 50% formamide in 2xSSC at 40 C,
然后，我曾经看到一个公式计算Tm
Tm=81.5 +0.41 (%GC content of probe) +16.6 log (molarity of monovalent cations)-500/(probe fragment length)-0.61(%formamide)

=81.5+0.41x0.40+16.6 log 0.39 (0.3M Nacl+ 3x0.03M trisodium citrate right?)-500/400-0.61x0.5

=73.315 ( right?)

但是，后面如何计算杂交的严谨度呢？希望大家讨论。

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1楼 2010-08-17 09:38:11

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