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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】大家帮忙分析下错误原因，谢谢！
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luckyheizi

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】大家帮忙分析下错误原因，谢谢！

小弟在用ATK计算时出错，log文件中出现如下信息：

Density Matrix Calculation : =======================================Connection to server [ 127.0.0.255 : 6200 ] lost - trying to reconnect.
rank 0 in job 1  localhost.localdomain_33214   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: return code 137
大家帮忙分析下是什么原因，应该怎么修改设置？顺便问下: 双电机模型计算时，何时采用Multi-grid，何时采用FFT？

由于小弟注册小木虫不久，所以金币有限，只奉送2个，多多包涵！以后金币多了一定多多奉送，谢谢！
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好人有好报。
1楼 2010-08-13 01:12:17
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luckyheizi

铜虫 (小有名气)
补充一下，我是在Linux下计算，用的是最新版的ATK。
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好人有好报。
2楼2010-08-13 01:15:52
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)
这是并行出的错，具体问题很难说。
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3楼2010-08-13 21:41:20
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)
zzy870720z:弱弱的问一下，这个回答“关于泊松方程的解法：当某一方向有完整的周期性时，用FFT解；当没有周期性，或是vaccum padding的时候用multi-grid。 ”和楼主的问题有什么关系吗？ 2010-08-14 08:27:03
关于泊松方程的解法：当某一方向有完整的周期性时，用FFT解；当没有周期性，或是vaccum padding的时候用multi-grid。
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4楼2010-08-13 21:43:14
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)
你用的mpich2什么版本，执行脚本的命令行是怎么样的？
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5楼2010-08-13 22:16:24
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢回复 2010-08-14 14:25:47
luckyheizi(金币+1):我用的是2010.8 2010-09-25 16:42:13
引用回帖:
Originally posted by luckyheizi at 2010-08-12 18:12:17:
小弟在用ATK计算时出错，log文件中出现如下信息：

Density Matrix Calculation : =======================================Connection to server [ 127.0.0.255 : 6200 ] lost - trying to reconnect.
rank 0 ...

官方网站说并行只能用mpich2-1.08,1.0.5这两个版本，其他的版本不保证正常运算，这两个版本是推荐的。
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弘德明志博学笃行
6楼2010-08-14 09:55:24
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luckyheizi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 椰浆饭 at 2010-08-13 21:43:14:
关于泊松方程的解法：当某一方向有完整的周期性时，用FFT解；当没有周期性，或是vaccum padding的时候用multi-grid。

如何理解“某一方向有完整的周期性”？我的模型是左右电极为锥形金电极，中间是一个晶胞（只有一个晶胞不是晶体），不知该用Multi-grid还是用FFT？谢谢。
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好人有好报。
7楼2010-08-14 13:51:05
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-08-14 21:40:49
luckyheizi(金币+1):请问散射区原子与中间块体的距离一般取值范围是多少？谢谢！ 2010-09-14 15:18:14
引用回帖:
Originally posted by luckyheizi at 2010-08-14 13:51:05:


如何理解“某一方向有完整的周期性”？我的模型是左右电极为锥形金电极，中间是一个晶胞（只有一个晶胞不是晶体），不知该用Multi-grid还是用FFT？谢谢。

那就用multi-grid吧
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8楼2010-08-14 20:52:37
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-08-14 09:55:24:

官方网站说并行只能用mpich2-1.08,1.0.5这两个版本，其他的版本不保证正常运算，这两个版本是推荐的。

你试过其它版本的么？ atk的并行似乎是个心病……
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9楼2010-08-14 20:53:49
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-08-15 10:29:34
引用回帖:
Originally posted by 椰浆饭 at 2010-08-14 13:53:49:


你试过其它版本的么？ atk的并行似乎是个心病……

我试过mpich2-1.2.1,也能运行。但是官方论坛上有个atk的解答人，说的最好用那两个版本。
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弘德明志博学笃行
10楼2010-08-15 08:55:01
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