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luckyheizi

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】大家帮忙分析下错误原因,谢谢!

小弟在用ATK计算时出错,log文件中出现如下信息:

Density Matrix Calculation : =======================================Connection to server [ 127.0.0.255 : 6200 ] lost - trying to reconnect.
rank 0 in job 1  localhost.localdomain_33214   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: return code 137
大家帮忙分析下是什么原因,应该怎么修改设置?顺便问下: 双电机模型计算时,何时采用Multi-grid,何时采用FFT?

由于小弟注册小木虫不久,所以金币有限,只奉送2个,多多包涵!以后金币多了一定多多奉送,谢谢!
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好人有好报。
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luckyheizi

铜虫 (小有名气)

补充一下,我是在Linux下计算,用的是最新版的ATK。
好人有好报。
2楼2010-08-13 01:15:52
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)

这是并行出的错,具体问题很难说。
3楼2010-08-13 21:41:20
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)

zzy870720z:弱弱的问一下,这个回答“关于泊松方程的解法:当某一方向有完整的周期性时,用FFT解;当没有周期性,或是vaccum padding的时候用multi-grid。 ”和楼主的问题有什么关系吗? 2010-08-14 08:27:03
关于泊松方程的解法:当某一方向有完整的周期性时,用FFT解;当没有周期性,或是vaccum padding的时候用multi-grid。
4楼2010-08-13 21:43:14
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)

你用的mpich2什么版本,执行脚本的命令行是怎么样的?
5楼2010-08-13 22:16:24
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zhangguangping

木虫 (著名写手)


cenwanglai(金币+1):谢谢回复 2010-08-14 14:25:47
luckyheizi(金币+1):我用的是2010.8 2010-09-25 16:42:13
引用回帖:
Originally posted by luckyheizi at 2010-08-12 18:12:17:
小弟在用ATK计算时出错,log文件中出现如下信息:

Density Matrix Calculation : =======================================Connection to server [ 127.0.0.255 : 6200 ] lost - trying to reconnect.
rank 0 ...

官方网站说并行只能用mpich2-1.08,1.0.5这两个版本,其他的版本不保证正常运算,这两个版本是推荐的。
弘德明志博学笃行
6楼2010-08-14 09:55:24
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luckyheizi

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 椰浆饭 at 2010-08-13 21:43:14:
关于泊松方程的解法:当某一方向有完整的周期性时,用FFT解;当没有周期性,或是vaccum padding的时候用multi-grid。

如何理解“某一方向有完整的周期性”?我的模型是左右电极为锥形金电极,中间是一个晶胞(只有一个晶胞不是晶体),不知该用Multi-grid还是用FFT?谢谢。
好人有好报。
7楼2010-08-14 13:51:05
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)


zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-08-14 21:40:49
luckyheizi(金币+1):请问散射区原子与中间块体的距离一般取值范围是多少?谢谢! 2010-09-14 15:18:14
引用回帖:
Originally posted by luckyheizi at 2010-08-14 13:51:05:


如何理解“某一方向有完整的周期性”?我的模型是左右电极为锥形金电极,中间是一个晶胞(只有一个晶胞不是晶体),不知该用Multi-grid还是用FFT?谢谢。

那就用multi-grid吧
8楼2010-08-14 20:52:37
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-08-14 09:55:24:

官方网站说并行只能用mpich2-1.08,1.0.5这两个版本,其他的版本不保证正常运算,这两个版本是推荐的。

你试过其它版本的么? atk的并行似乎是个心病……
9楼2010-08-14 20:53:49
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zhangguangping

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-08-15 10:29:34
引用回帖:
Originally posted by 椰浆饭 at 2010-08-14 13:53:49:


你试过其它版本的么? atk的并行似乎是个心病……

我试过mpich2-1.2.1,也能运行。但是官方论坛上有个atk的解答人,说的最好用那两个版本。
弘德明志博学笃行
10楼2010-08-15 08:55:01
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