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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):问题不错，期待ATP的回复~~ 2010-08-11 12:36:38
LZ您好，发现您非常热心，首先感谢一下！
我想问您一个实验设计的问题，我们老板想让我做一个物种的所有的有关N、P的基因，我可以在genbank里面搜索，再把相关信息下载下来，就是不知道后面的工作如何做，老板的意思是做一些调控相关的东西，看看能不能发现什么规律，我上KEGG网站，感觉别人总结得很全面了，我不知道用这些数据怎么分析，不知道您有没有什么好的建议？谢谢！
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21楼2010-08-11 12:17:46
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
看天(金币+2):谢谢回答 2010-08-11 19:10:22
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-08-11 12:17:46:
LZ您好，发现您非常热心，首先感谢一下！
我想问您一个实验设计的问题，我们老板想让我做一个物种的所有的有关N、P的基因，我可以在genbank里面搜索，再把相关信息下载下来，就是不知道后面的工作如何做，老板的 ...

如果是这么泛的题目，我想应该好好利用生物信息学来帮忙
把所有相关的基因做一个GO，看看都分布在哪一块，其次看这些基因有没有相对集中分布在哪些关键的信号通路上，这样或许对发现新问题有帮助
找对落脚点和突破口是你目前的首要目标
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22楼2010-08-11 15:49:04
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ATGAGCAAAAGATATTGGAACATTGATTTGGAAGAGATGATGGAAGCAAGAGTTCATTTAGGGCATAAAACTAGGAAATGGAACCCTAAGATGGCACCTTACATTTTTACAGAGCGTAAAGATACTCATATTATTAATCTGGCTAAAACTGCTCGTTCTTTATCAGAAGCTTGTGATTTGGTGTTTGATATAGCAGGTAGAGGAAAACAATTCCTGATAGTCGGTACGAAATATCAAGCAACTGATTTAGTAGCATCAGCTGCTACAGAAGCTCGATGTCATTATGTAAATAGAAAATGGCTTGGTGGTATGTTAACTAATTGGTCTACTACAGAGACGAGACTTCAGAAGTTCAAGGATTTAAAAAAAGAACAAGATACGGGACGATTCAATCAACTTCCAAAAAAAGAAGCAGCTATGCTCAAGAGACAATTAGACCAATTGCAGAAATATCTAGGTGGGATTAGATACATGAGGAGCTTACCCGATATTGCGATAATTACCAATCAACGAGAAGAATCCATTGCTCTTGGGGAATGTAGAACTTTGGGTATTCCGACAATTTGCTTGGTTGATACAGATTGTGATCCAGATCTCGTGGATATCCCAATTCCAGCCAATGATGATGGTATAGCTTCAATCCAATTGATCCTGAACAGATTAACGTCAGCAATTTGCGAAGGAAGGGCATTAAGGTCATTATAG

根据上述序列设计一个简并引物。。。 tm 65±5，  gc % 40-60  引物 20-26bp。


我一直找不到
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23楼2010-08-11 17:37:01
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-08-11 17:37:01:
ATGAGCAAAAGATATTGGAACATTGATTTGGAAGAGATGATGGAAGCAAGAGTTCATTTAGGGCATAAAACTAGGAAATGGAACCCTAAGATGGCACCTTACATTTTTACAGAGCGTAAAGATACTCATATTATTAATCTGGCTAAAACTGCTCGTTCTTTATCAGAAGCTTGTGATTTGGTGTTTGATATAGCAGG ...

是要扩增出全部上述序列还是只需要其中的一部分？
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24楼2010-08-11 18:22:35
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2010-08-11 18:22:35:


是要扩增出全部上述序列还是只需要其中的一部分？

如果要扩增全部序列 是不是还要反向pcr？

我是通过这段寻找一个简并引物位点。 和其他的兼并引物位点匹配，来克隆。
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25楼2010-08-11 18:47:15
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
scelab(金币+1):切胶的确如此啊~ 2010-08-13 18:51:48
amisking(金币+1): 2010-08-15 12:43:29
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-08-11 18:47:15:



如果要扩增全部序列 是不是还要反向pcr？

我是通过这段寻找一个简并引物位点。 和其他的兼并引物位点匹配，来克隆。

要扩增全部序列，那就直接一头一尾写出来好了
然后照顾一下简并位点
反正要切胶，出现dimer或者非特异的都不怕~~~
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26楼2010-08-11 19:00:26
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2010-08-11 19:00:26:


要扩增全部序列，那就直接一头一尾写出来好了
然后照顾一下简并位点
反正要切胶，出现dimer或者非特异的都不怕~~~

这么一头一尾写出来。不怕p不出来么。 这只是近似物种的。

另外照顾简并位点有人说是 给蛋白序列。 有人说 每个公司的兼并不一样写法。。。能举一个具体例子么？

ctaaCTGGTCAGGTGCTCTT(ctg)TTCC

括号为一个位点 出现过ctg都有。
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27楼2010-08-11 19:41:03
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feiye2214

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主做过显微操作么？
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28楼2010-08-11 19:43:48
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feiye2214

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问一个迫切的问题，试剂盒上说转化是16度，30min
还说效果不好就直接16度，过夜，我不知道过夜是多长时间
7小时够不够?时间长了是不是会出问题啊？
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29楼2010-08-11 19:46:46
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
scelab(金币+2):好~~~ 2010-08-13 18:52:15
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-08-11 19:41:03:



这么一头一尾写出来。不怕p不出来么。 这只是近似物种的。

另外照顾简并位点有人说是 给蛋白序列。 有人说 每个公司的兼并不一样写法。。。能举一个具体例子么？

ctaaCTGGTCAGGTGCTCTT(ctg)TTCC

...

我终于明白你的问题了
解决方案：
首先找几个相近物种的跟这段同源的序列出来做比对，发现保守区，然后在保守区那里设计引物，看看能不能钓取到这个未知基因的一部分，然后再继续用其他的方法完整克隆到这个基因
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30楼2010-08-11 21:40:07
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