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1、基因组组装分析：phred, phd2fasta, phrap, consed, arachne, RePS 2、功能注释：glimmer, genewise, genscan, fgenesh, BGF, tRNAscan-SE, MicroRNA, sim4, InterproScan, GO, WEGO, Promoter 2.0, Disembl 3、重复序列：Repeatmasker, ReAS 4、比较基因组：cross_match, blastall, blastz, blat, Fasta, CAT, MUMmer, smith-waterman 5、表达(EST、芯片、蛋白)：cap3, BGI-EST analysis package, BGI-Array analysis package, BGI-Proteomics analysis package 6、分子进化：K-Estimator, codeml, yn00, clustalw 7、多态性：primer3, SNPdetector, polyphred, BGI-Variation analysis package |
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