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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Autodock中最后Run Autodock一步中提示有错，希望能得到大家的帮助
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Autodock中最后Run Autodock一步中提示有错，希望能得到大家的帮助 已有9人参与

各位好：我在做Autodock时 ，最后一步Run Autodock中提示I'm sorry. I can't find or open "hsg1_rigid.HD.map" ,重复了好多次都是这个提示，希望大家指点一下。
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1楼 2010-07-23 20:18:05
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
gaoqunqunl(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by wjmed at 2010-07-29 06:09:02:
检查一下是不是没有hsg1_rigid.HD.map这个文件
HD类型是基本的map类型
如果没有，就重新定义gpf文件，用autogrid程序再计算一下

同意楼上的说法，问题可能出在grid这步。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-07-29 07:47:47
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普通回帖

wjmed

木虫 (正式写手)
★
gaoqunqunl(金币+1):谢谢参与
gaoqunqunl(金币+1): 2010-07-29 08:11:57
检查一下是不是没有hsg1_rigid.HD.map这个文件
HD类型是基本的map类型
如果没有，就重新定义gpf文件，用autogrid程序再计算一下
赞一下(1人) 回复此楼
Timeandtidewaitsfornoman!
2楼2010-07-29 06:09:02
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
谢谢两位朋友的帮助
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4楼2010-07-29 08:12:23
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dapaodiao

新虫 (初入文坛)
★
gaoqunqunl(金币+1): 谢谢参与
小弟是新手，按照教程操作的时候发现gpf文件中就没有现实—rigid.HD.map
怎么重新定义gpf？？求解
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5楼2013-01-31 19:00:36
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sootiey

银虫 (小有名气)
★
gaoqunqunl(金币+1): 谢谢参与
我在win7运行autodockgrid时也总是报错，不知道是什么原因
Running: C:\Users\Administrator\adt_job.bat

COMMAND        : C:\cygwin\usr\local\bin\autogrid4.exe
WORKING PATH   : C:\Users\Administrator
PARAMETER FILE : C:\Users\Administrator\1au\adh.gpf
LOG FILE       : C:\Users\Administrator\1au\adh.glg

            [ ... running ...]

C:\cygwin\usr\local\bin\autogrid4.exe: ERROR:  can't find or open receptor PDBQT file "rig.pdbqt".
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6楼2013-02-01 17:10:51
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sootiey

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我在前面的autodockgrid这一步报错，说是不能找到或发现受体文件：
C:\cygwin\usr\local\bin\autogrid4.exe: ERROR:  can't find or open receptor PDBQT file "rig.pdbqt".
但前面已经有这个文件了，那就是不能打开这个文件了，忘高手指教！！！
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7楼2013-02-03 21:30:33
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2474554楼: Originally posted by dapaodiao at 2013-01-31 19:00:36
小弟是新手，按照教程操作的时候发现gpf文件中就没有现实—rigid.HD.map
怎么重新定义gpf？？求解

你按照教程重新设置下grid参数，重新运行一下
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努力，不放弃
8楼2013-03-25 21:17:03
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2474663楼: Originally posted by sootiey at 2013-02-03 21:30:33
我在前面的autodockgrid这一步报错，说是不能找到或发现受体文件：
C:\cygwin\usr\local\bin\autogrid4.exe: ERROR:  can't find or open receptor PDBQT file "rig.pdbqt".
但前面已经有这个文件了，那 ...

你需要设置你的工作目录，有很多方法，我的方法是把安装目录下的adt.dat拷贝到工作目录下打开就可以了。另外，win7下运行会有很多莫名其妙的错误，建议在linux下运行。
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努力，不放弃
9楼2013-03-25 21:18:53
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eify

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2013-03-25 21:17:03
你按照教程重新设置下grid参数，重新运行一下...

我也出现了这个问题，但我就是按照教程设置的参数啊，还是没有ＨＤ．ｍａｐ这个文件，请大神详细指教下
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10楼2014-07-10 10:15:50
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