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韩松

木虫 (著名写手)

专利虫


[交流] 【求助】关于氢键的若干问题已有8人参与

我正在做晶体结构图和一些弱相互作用,请问寻找氢键有什么原则吗?距离?A-H....B键角?还有堆积晶胞图里边自动显示的氢键 能说明什么?
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)


帝夫(金币+1):谢谢回帖交流 2010-08-09 12:29:51
韩松(金币+2): 2010-08-11 19:55:48
引用回帖:
Originally posted by 韩松 at 2010-08-08 21:52:25:
这没人回答问题 金币就不能收回了么

俺也想看看氢键是否产生,总结了一下看到的帖子,大侠们是为样说的:
1. For H bonds, insert the command HTAB in the .ins file and refine with XL. This generates the symmetry operator for you. In the .lst file, find the desired output, which looks like:
Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and 110 deg.
D-H d(D-H) d(H..A) O1-H1 0.880 1.988 168.39 2.855 O1 [ x-1/2, -y+5/2, -z ]
In the .ins file, insert an EQIV command that defines how atom O1 (the donor) is related to atom O_$1 (the acceptor) and an HTAB command that requests the distance.
EQIV $1 x-1/2, -y+5/2, -z
HTAB O1 O1_$1
The result may be viewed in the .lst file:
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
D-H H...A D...A <(DHA)
0.880(17) 1.988(17) 2.8555(7) 168.4(16) O1-H1...O1_$1
If ACTA was present in the .ins, the .cif will contain information on H bonding, which can be printed by saying yes to the H bonding table when running XCIF.
13楼2010-08-09 10:37:04
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韩松

木虫 (著名写手)

专利虫


对了,还有platon是怎么用的?奸笑了
2楼2010-07-22 10:58:02
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参蛋

木虫 (正式写手)

千载太虚无非梦


yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-07-22 20:15:27
韩松(金币+1):谢谢交流,想明白详细一点 2010-07-22 23:05:39
platon里面结果可以直接看的,但是氢键的距离和键角,很多人说是120以上,3以下,但是根据具体情况而定~~~
文思无如悲思涌,泪痕总比墨痕浓!
3楼2010-07-22 16:31:02
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

yanhualover:谢谢交流 2010-07-22 20:15:20
韩松(金币+1):谢谢 2010-07-24 09:16:00
引用回帖:
Originally posted by 参蛋 at 2010-07-22 09:31:02:
platon里面结果可以直接看的,但是氢键的距离和键角,很多人说是120以上,3以下,但是根据具体情况而定~~~

我也想知道,你说的具体情况到底是怎么确定的?有没有相关的文献总结过?
4楼2010-07-22 16:51:20
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