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bbslover金虫 (正式写手)
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【讨论】chemdraw得到的smiles格式与使用openbabel转换的smiles格式不一致？ 已有2人参与
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我首先使用chemdraw画好分子后，直接使用chemdraw得到的smiles格式如下， BrC1=CC=CC(NC2=C(C#N)C=NC=C2C3=CC=C(OC)C(OC)=C3)=C1 但是，我把这个画好的cdx格式使用openbabel转化的smiles格式如下： c1(c(c(cnc1)c1ccc(c(c1)OC)OC)Nc1cc(ccc1)Br)C#N 这两个smiles格式不一样，但是我把这两个smiles串分别都转化到3D结构，确实一样的，是不是一个分子结构，可以有多种smiles格式？ 得到的图片如下。  A是使用openbabel的smiles格式得到，B是直接用chemdraw得到smiles格式画出的分子结构， C是openbabel的smi格式得到， D是原始结构，我把这几个结构转化为3D优化后，结构是一样的， 是不是 虽然 A和C与B的smiles串不一致，2D显示也不一致（苯环），但是都表示同一个结构吧。也就是说openbabel转化得到的smiles串也是正确的吧？ 也就是说chemdraw显示苯环的方式有两种如下，  当他们转到3D结构是一致。 关于得到的smiles串是否一致，是不是检查他们的2D或3D结构就可以了，只要能够重复出原始结构就说明此smiles串是正确的（同一结构有多种smiles串表示方式）？ |
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2楼2010-07-23 08:31:49
bbslover
金虫 (正式写手)
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3楼2010-07-24 14:51:40
