| 查看: 5491 | 回复: 2 | |||
bbslover金虫 (正式写手)
|
[交流]
【讨论】chemdraw得到的smiles格式与使用openbabel转换的smiles格式不一致？ 已有2人参与
|
|
我首先使用chemdraw画好分子后，直接使用chemdraw得到的smiles格式如下， BrC1=CC=CC(NC2=C(C#N)C=NC=C2C3=CC=C(OC)C(OC)=C3)=C1 但是，我把这个画好的cdx格式使用openbabel转化的smiles格式如下： c1(c(c(cnc1)c1ccc(c(c1)OC)OC)Nc1cc(ccc1)Br)C#N 这两个smiles格式不一样，但是我把这两个smiles串分别都转化到3D结构，确实一样的，是不是一个分子结构，可以有多种smiles格式？ 得到的图片如下。  A是使用openbabel的smiles格式得到，B是直接用chemdraw得到smiles格式画出的分子结构， C是openbabel的smi格式得到， D是原始结构，我把这几个结构转化为3D优化后，结构是一样的， 是不是 虽然 A和C与B的smiles串不一致，2D显示也不一致（苯环），但是都表示同一个结构吧。也就是说openbabel转化得到的smiles串也是正确的吧？ 也就是说chemdraw显示苯环的方式有两种如下，  当他们转到3D结构是一致。 关于得到的smiles串是否一致，是不是检查他们的2D或3D结构就可以了，只要能够重复出原始结构就说明此smiles串是正确的（同一结构有多种smiles串表示方式）？ |
回复此楼» 猜你喜欢
机械工程264学硕求调剂
已经有3人回复
-
264求调剂
已经有9人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
22408 266求调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有14人回复
-
273求调剂
已经有43人回复
-
307求调剂
已经有13人回复
-
327求调剂
已经有7人回复
-
338求调剂
已经有6人回复
-
326分，一志愿沪9，求生物学调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于格式问题，编辑很强硬
已经有13人回复
- 晶体指标化不好，一般怎么改进才能得到好的晶体，新手求教啊
已经有5人回复
- chemdraw 操作问题
已经有9人回复
- chemcatchem，投稿17天了，依然是submitted，希望投过有经验的网友进来交流一下
已经有9人回复
- chem.commu小修时能改通讯作者吗？
已经有28人回复
- 求助 关于 Journal of Agricultural and Food Chemistry 投稿 图片格式
已经有5人回复
- 6个金币求达人用Chemdraw帮我一张画图
已经有6人回复
- 用chemdraw画图后怎样得到tiff格式的300dpi的图？请高手指点啊
已经有4人回复
- 【讨论】chemdraw 非常有用的一个小技巧！！省时省力……
已经有33人回复
- 【求助】ChemDraw中画出的手性分子为何经过open babel转换后，就不显示手性了呢？
已经有3人回复
- 【求助】openbabel转2D-到-3D太慢了，一个分子大约20秒！
已经有3人回复
2楼2010-07-23 08:31:49
bbslover
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 5390.8
- 散金: 191
- 红花: 3
- 帖子: 540
- 在线: 142.4小时
- 虫号: 508292
- 注册: 2008-02-20
- 性别: GG
- 专业: 化学信息学
3楼2010-07-24 14:51:40
