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wiflash

[交流] 求助：基因序列未知，引物该怎么设计

宋体我的基因只知道外显子的序列，但是不知道内含子的序列，我想扩增这个基因的全部外显子，不知道应该怎么设计引物，我提取的是DNA，如果不用RNA做，有没有办法，热切盼回帖，谢谢。
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1楼 2006-04-02 23:21:13
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wj_21cn

木虫 (正式写手)
晕，模板的序列都不知道，怎么设计引物呢？
不过直到外显子的序列的话。
只要知道包含内含子的上游和下游序列，一样设计引物了。
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2楼2006-04-02 23:27:01
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wiflash

我现在知道mRNA序列，我想知道内含子的序列，我现在主要是想看在外显子和内含子上有没有突变，因此也需要扩增内含子序列，我在NCBI上BLAST了，但是找不到，只有人的这个基因的全基因组序列，内含子的保守性很低，能不能通过人的去设计呢？
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3楼2006-04-03 18:01:10
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wj_21cn

木虫 (正式写手)
可以试一下，只要不是衰到和引物配对的那段序列，正好不保守，就可以了。：）
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4楼2006-04-03 18:32:24
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望天石

金虫 (正式写手)
如果内含子不是很长的话，设计外显子上的引物就可以扩增出了了
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极目楚天舒
5楼2006-04-03 20:02:34
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iamboy

金虫 (小有名气)
可以啊，可以考虑兼并引物。
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6楼2006-04-03 20:25:31
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wzd100

新虫 (初入文坛)
在NCBI blast上比对你的序列找到相应的基因组序列或者mRNA/cDNA序列，找到序列之后导出来再根据这个序列设计你要的引物就可以了
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7楼2006-04-04 09:13:40
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wzd100

新虫 (初入文坛)
基因的名字知道吗？知道名字可以差基因的所有SNP的
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8楼2006-04-04 09:15:01
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wiflash

基因的名字是RBP4（视黄醇结合蛋白4），它有6个外显子和5个内含子，其中一个外显子有6K,还有一个是1.7K,其他的都不大，以上都是人的资料，我想要做的是猪的。
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9楼2006-04-06 07:48:52
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