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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】MS-sorption中力场编辑的一个基础问题
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wangtingyun

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS-sorption中力场编辑的一个基础问题 已有7人参与

如题，对Dreiding力场进行编辑。
主要是修改两项，一项是D0，一项是R0
通过看帮助文件，发现D0对应well-depth井深，应该是ε；而R0对应equilibrium distance，应该是σ。
问题是：文献中给出ε值时一般是以这样的形式给出的：ε/kB，其中kB是波尔兹曼常数。整体单位是K，一般ε/kB的值都有几十到几百。而在MS提供的D0，单位是kal/mol，其值却都只有零点几。
请问，这两者之间是如何转化的？还是我的理解有错？
我接触GCMC时间不长，还是新手。请高手们不吝赐教!
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1楼 2010-07-06 15:36:08
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Himamy

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 郭同学 at 2018-06-05 10:44:28
请问一下，D0和那个参数的转化为什么除以500多的那个数？？
...

http://www.mamicode.com/info-detail-2248529.html
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8楼2022-03-29 20:31:16
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
wangtingyun(金币+8):不说了，眼泪哗哗的！闷头搞了两天，不如版主几句话！ 2010-07-06 17:10:38
lei0736(金币+5):谢谢 2010-07-09 16:56:55
MS的LJ12-6公式与一般情况下看到的LJ12-6公式不太一样。R0和σ也有转换关系，R0=2^(1/6)*σ，而D0和ε的转换关系应该是D0约为ε/kB/503.2，我们就拿Dreiding中的C_3来说，文献中一般给出的数据是，σ=3.47 A ε/kB=47.84 K，换算后就得到R0=3.895 A D0=47.84/503.2=0.09501=0.9501e-01 kcal/mol 和MS中Dreiding提供的力场结果R0=3.8983 A D0=0.9510e-01 kcal/mol 还是比较一致的吧。
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郭同学
2楼2010-07-06 16:53:45
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xj200920075

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，能不能介绍下在ms中怎么修改力场啊
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6楼2015-02-28 15:50:02
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郭同学

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ghcacj at 2010-07-06 16:53:45
MS的LJ12-6公式与一般情况下看到的LJ12-6公式不太一样。R0和σ也有转换关系，R0=2^(1/6)*σ，而D0和ε的转换关系应该是D0约为ε/kB/503.2，我们就拿Dreiding中的C_3来说，文献中一般给出的数据是，σ=3.47 A ε/kB= ...

请问一下，D0和那个参数的转化为什么除以500多的那个数？？

发自小木虫Android客户端
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7楼2018-06-05 10:44:28
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