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wangtingyun银虫 (小有名气)
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【求助】MS-sorption中力场编辑的一个基础问题 已有7人参与
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如题，对Dreiding力场进行编辑。 主要是修改两项，一项是D0，一项是R0 通过看帮助文件，发现D0对应well-depth井深，应该是ε；而R0对应equilibrium distance，应该是σ。 问题是：文献中给出ε值时一般是以这样的形式给出的：ε/kB，其中kB是波尔兹曼常数。整体单位是K，一般ε/kB的值都有几十到几百。而在MS提供的D0，单位是kal/mol，其值却都只有零点几。 请问，这两者之间是如何转化的？还是我的理解有错？ 我接触GCMC时间不长，还是新手。请高手们不吝赐教! |
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wangtingyun(金币+8):不说了，眼泪哗哗的！闷头搞了两天，不如版主几句话！ 2010-07-06 17:10:38
lei0736(金币+5):谢谢 2010-07-09 16:56:55
wangtingyun(金币+8):不说了，眼泪哗哗的！闷头搞了两天，不如版主几句话！ 2010-07-06 17:10:38
lei0736(金币+5):谢谢 2010-07-09 16:56:55
| MS的LJ12-6公式与一般情况下看到的LJ12-6公式不太一样。R0和σ也有转换关系，R0=2^(1/6)*σ，而D0和ε的转换关系应该是D0约为ε/kB/503.2，我们就拿Dreiding中的C_3来说，文献中一般给出的数据是，σ=3.47 A ε/kB=47.84 K，换算后就得到R0=3.895 A D0=47.84/503.2=0.09501=0.9501e-01 kcal/mol 和MS中Dreiding提供的力场结果R0=3.8983 A D0=0.9510e-01 kcal/mol 还是比较一致的吧。 |
郭同学2楼2010-07-06 16:53:45
3楼2010-07-09 09:59:41
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