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【求助】求助ATK计算分子各分离轨道的脚本 已有1人参与
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各位前辈，我想求助一下ATK计算散射区分子分离轨道的脚本 ATK manuual 提供的脚本如下： from ATK.TwoProbe import * # Restore calculation scf = restoreSelfConsistentCalculation('lih2li-scf.nc') # Reopen old two-probe configuration vnl_file=VNLFile("lih2li.vnl"  atomic_configuration = vnl_file.readAtomicConfigurations()["lih2li"] # Calculate HOMO and LUMO eigenstates for the H atoms in the two-probe system eigenstates = calculateProjectedHamiltonianEigenstates( scf, projection_atoms = [3,4], quantum_numbers = [0,1] ) # Store results in VNL files vnl_file = VNLFile("lih2li-mpsh.vnl" vnl_file.addToSample(atomic_configuration,'lih2li_mpsh') for eigenstate in eigenstates: vnl_file.addToSample(eigenstate, 'lih2li_mpsh') 我想问一下计算分子轨道的话，应不应该包括散射区中点极的部分，还有怎样改变脚本可以计算不同电压下分子轨道 |
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kaypu 
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+3):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-29 09:47:36
xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-06-29 15:16:38
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| 我是这么认为的：在计算分子轨道的时候 atk是连着遮蔽层一起算进去的，也就是说是一部分电极和分子，你在选择投影的时候，就是那个MPSH，就是你的那个projection_atoms = [3,4], 计算一下 应该投影到哪个原子上就行了，第一个原子的标号是0，就是那个遮蔽层的第一个原子， 你可以算一下后面的是多少，然后轨道就是计算一下啦，以C为例，一个能级上占据两个电子，C考虑最外面的四个电子就行了，看看你这个体系有多少个C ，然后就是C的数目乘以4再除以2，在左右取一些，有可能会出现能级兼并 所以左右取一些就行了 最后在计算出来的数一下是第几个就可以了。我也是新手 请高手指正 谢谢 |
2楼2010-06-29 09:41:58
