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zhangying09

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】求助ATK计算分子各分离轨道的脚本已有1人参与

各位前辈，我想求助一下ATK计算散射区分子分离轨道的脚本
ATK manuual 提供的脚本如下：
from ATK.TwoProbe import *
# Restore calculation
scf = restoreSelfConsistentCalculation('lih2li-scf.nc')
# Reopen old two-probe configuration
vnl_file=VNLFile("lih2li.vnl"

atomic_configuration = vnl_file.readAtomicConfigurations()["lih2li"]
# Calculate HOMO and LUMO eigenstates for the H atoms in the two-probe system
eigenstates = calculateProjectedHamiltonianEigenstates(
scf, projection_atoms = [3,4],
quantum_numbers = [0,1]
)
# Store results in VNL files
vnl_file = VNLFile("lih2li-mpsh.vnl"

vnl_file.addToSample(atomic_configuration,'lih2li_mpsh')
for eigenstate in eigenstates:
vnl_file.addToSample(eigenstate, 'lih2li_mpsh')

我想问一下计算分子轨道的话，应不应该包括散射区中点极的部分，还有怎样改变脚本可以计算不同电压下分子轨道

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1楼 2010-06-28 21:52:46

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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+3):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-29 09:47:36
xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-06-29 15:16:38

我是这么认为的：在计算分子轨道的时候 atk是连着遮蔽层一起算进去的，也就是说是一部分电极和分子，你在选择投影的时候，就是那个MPSH，就是你的那个projection_atoms = [3,4], 计算一下应该投影到哪个原子上就行了，第一个原子的标号是0，就是那个遮蔽层的第一个原子，你可以算一下后面的是多少，然后轨道就是计算一下啦，以C为例，一个能级上占据两个电子，C考虑最外面的四个电子就行了，看看你这个体系有多少个C ，然后就是C的数目乘以4再除以2，在左右取一些，有可能会出现能级兼并所以左右取一些就行了最后在计算出来的数一下是第几个就可以了。我也是新手请高手指正谢谢

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