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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gamess/Q-Chem » 【讨论】gamess能量分解！
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vividelife

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】gamess能量分解！已有4人参与

在gamess软件中，例子28是用Morokuma方法进行作用能的分解的，例子如下：

! EXAM28. Morokuma energy decomposition.
! This run duplicates a result from Table 16 of
! H.Umeyama, K.Morokuma, J.Am.Chem.Soc. 99,1316(1977)
!
! GAMESS literature
! ES= -14.02 -14.0
! EX= 8.98 9.0
! PL= -1.12 -1.1
! CT= -2.37 -2.4
! MIX= -0.43 -0.4
! total -8.96 -9.0
!
$contrl scftyp=rhf runtyp=morokuma coord=zmt $end
$system memory=300000 timlim=5 $end
$basis gbasis=n31 ngauss=4 $end
$guess guess=huckel $end
$morokm iatm(1)=3 $end
$data
water-ammonia dimer
Cs

H
O 1 rOH
H 2 rOH 1 aHOH
N 2 R 1 aHOH 3 0.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 1 180.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 5 +120.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 5 -120.0

rOH=0.956
aHOH=105.2
rNH=1.0124
aHNaxis=112.1451 ! makes HNH=106.67
R=2.93
$end

在上面这个例子中，iatm(1)=3是什么意思啊，我看了一下Gamess中iatm的说明，说明如下：

IATM = An array giving the number of atoms in each of the monomer. Up to ten monomers may be defined. Your input in $DATA must have all the atoms in the first monomer defined before the atoms in the second monomer, before the third monomer... The number of atoms belonging to the final monomer can be omitted. There is no sensible default for IATM, so don't omit it from your input.

请问是什么意思呢？
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ludeng8710

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1楼2010-06-28 09:44:54
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yflchx

金虫 (正式写手)
★
vividelife(金币+25):谢谢 2010-06-28 11:40:17
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！ 2010-06-30 17:30:22
定义碎片1为前三个原子，也就是H2O。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-06-28 11:02:32
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vividelife

银虫 (小有名气)
再次感谢！

[ Last edited by vividelife on 2010-6-29 at 07:51 ]
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3楼2010-06-28 11:38:42
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vividelife

银虫 (小有名气)
谢谢yflchx 的交流，帖子已完结！
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-29 22:02:10
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ludeng8710

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
7566楼: Originally posted by vividelife at 2010-06-28 09:44:54:
在gamess软件中，例子28是用Morokuma方法进行作用能的分解的，例子如下：

! EXAM28. Morokuma energy decomposition.
! This run duplicates a result from Table 16 of
! H.Umeyama, K.Morokuma, J.Am.Che ...

请问，用GAMESS能否做过渡态的能量解析？
http://onlinelibrary.wiley.com/d ... sCustomisedMessage=
像这篇文献一样？
谢谢~
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5楼2012-03-15 14:48:49
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yflchx

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2450019楼: Originally posted by ludeng8710 at 2012-03-15 14:48:49:
请问，用GAMESS能否做过渡态的能量解析？
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21780/abstract;jsessionid=A0699D79ACE38F47FAE57A6699F541F5.d01t03?systemMessage=Wiley+Online+Library+will+be+ ...

GAMESS好像不能做。

ADF应该可以，搜一下Prof. F. Matthias Bickelhaupt的文章。
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6楼2012-05-01 10:14:53
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chrinide

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2450019楼: Originally posted by ludeng8710 at 2012-03-15 14:48:49:
请问，用GAMESS能否做过渡态的能量解析？
http://onlinelibrary.wiley.com/d ... ne+Library+will+be+ ...

Gamess可以做过渡态EDA的，采用LMOEDA方法.

可以参考这篇文章：
http://www.sciencedirect.com/sci ... i/S0020169312001107

[ Last edited by chrinide on 2012-5-5 at 13:25 ]
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未知必须借由更深的未知去获悉，隐晦必须借由更深的隐晦来明了
7楼2012-05-05 13:23:43
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