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[交流]
【分享】生物科学之文献交流已有4人参与
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我们在同一个平面，同一个圆。 只要张开两臂，就能互牵。 因为，你是我的侧面。 亲爱的朋友们以及朋友们：你们一定读过不少的文献，读过不少的好文献，它们那么的优秀那么的有启示，以至于我们禁不住要做点札记或者札记。那么何不把它分享出来呢？ 把它们记录在这里吧，不需要太详细，不需要很专业，只要大略地描述一下重要的内容就好了。这样后来的虫子就可以看看是不是对自己有帮助，同时也可以看看别人的文献是不是与自己有交叉，无疑方便了大家交流，也省去了大量检索文献翻阅文献的时间，来吧只要大家足够热情，就一定双双互利。 要求：至少写出文献的标题（这个是必须的吧）以及作一下简单的介绍（这个多多益善吧，不过懒的写多也无所谓至少给点信息吧）。 凡跟贴发表者，一律5BB以上的奖励。不信你可以试一下。 |
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Thermodynamic optimization of energy transfer in (bio) chemical reaction systems
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论文总结： 本文以两个单分子反应的偶联为模型考察了有关（生化）化学反应在做功输出和热力学效率方面的性质。推导出一个化学反应的净速率等于正向速率乘以一个指数函数式。并以此式为基础，得出一个特定的化学反应在特定的偶联条件下可以的最大功输出，以及与此对应所要求的这个偶联系统的反应亲和力。作者指出，如果反应处于一个处于较差的偶联中（能量“泄漏”较大）那么必须保证偶联反应有一定大的亲和力（偶联反应本身的吉布斯函数的负值，能量“耗散”）以保证反应的速率，才能保证有最大的做功输出速率。反之，如果偶联较好，做功效率较大，那么就不能有太大的亲和力以保证能的较大利用，最终有最大的做功输出速率。 至于热力学效率，理想的情况是是没有能量泄漏和能聊耗散，即效率最大。但是对于实际情况，作者得出和最大功输出相似的情况。 同时作者指出本模型无法像一般的能量转换装置一样可以用最小熵原理来进行优化，因为它的能输入不是恒定的。 最后，如果生命体系有很大的偶联利用效率，有趋于经济的选择，作者推测生命活动的范围必定是位于理论最大热力学效率与最大做功输出速率的两点之间。 心得体会： 作者的得出的结论应该还是有一定合理性的。先前单以为对于化学反应，我们总是应该致力于优化这个反应系统的吉布斯函数变，以保证能量的最大利用，但是对于实际的一个能量转化装置来讲，为了保证有最大的做功输出速率，必须保证反应以一定的能量耗散为代价。而速率往往是我们的工业追求，我们的现代节奏追求。我们在速率得到提升的同时，要有更多的资源浪费，世界会更快的陷入无序，更快的趋于衰亡；但是要物尽其用，努力于能源价值的滴滴利用，又不可避免地延缓我们前进的速率，这或许是不可避免的。你是宁肯活一天吃饱还是两天挨饿？世界以一种怎样的形式走向结束，就看我们怎么选择或者权衡。如果精神享受不次于物质满足，那我们整个世界应该毫无疑问地放慢下来。 至于作者推导所用的方程式，不怎么理解也没去细究，因为本文并不是我要找的相关文献，所以对于他关于这些很复杂的方程式的处理，求解，并不十分确定。应该说作者在开头给我们引出了一个很感兴趣的优化思维：熵增最小化。可是到最后他却说不能应用。理论上讲不管如何，将系统和环境整合起来总是可以计算熵的，不知道他是否如此，不过也许依旧会不便处理，可能吧。 TIPS： 1）一个化学反应的正向速率与逆向速率的比是指数为亲和力A除以RT的E次方？ 2）ATP的水解的亲和力约为50（48-55）kJ/mol？ [ Last edited by 看天 on 2010-6-26 at 11:49 ] |
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Flux balance analysis in the era of metabolomics(代谢组学中的通量平衡分析)
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总结：代谢组学正在迅速地向前发展，作为一套高通量数据采集工具，它能客观地描述代谢产物的动力学。现在这些数据还不充分，也不够准确，不能建立起一个大型动力学模型。因此，迫切需要开发一些能利用这些新兴数据并能解释相关不确定性的定量技术。本文探讨了目前FBA在这方面的发展，并且探讨了，FBA作为代谢组学的补充，它的应用以及与代谢组学结合后，两者预期的协同作用。 想法：代谢组学的发展为FBA提供了很充分的数据，尤其是对于大型代谢网络来讲，动力模型的建立还有困难，而FBA将会有很大的应用前景。 |
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