应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】怎么看力场文件？
31/1返回列表
查看: 2293  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jianchaoyv

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎么看力场文件？ 已有2人参与

!V(Lennard-Jones) = Eps,i,j[(Rmin,i,j/ri,j)**12 - 2(Rmin,i,j/ri,j)**6]
!
!epsilon: kcal/mole, Eps,i,j = sqrt(eps,i * eps,j)
!Rmin/2: A, Rmin,i,j = Rmin/2,i + Rmin/2,j
!
!atom  ignored    epsilon      Rmin/2   ignored   eps,1-4       Rmin/2,1-4
!
C      0.000000  -0.110000     2.000000 ! ALLOW   PEP POL ARO
                ! NMA pure solvent, adm jr., 3/3/93
CA     0.000000  -0.070000     1.992400 ! ALLOW   ARO
                ! benzene (JES)
CC     0.000000  -0.070000     2.000000 ! ALLOW   PEP POL ARO
                ! adm jr. 3/3/92, acetic acid heat of solvation
CD     0.000000  -0.070000     2.000000 ! ALLOW  POL
                ! adm jr. 3/19/92, acetate a.i. and dH of solvation
CE1    0.000000  -0.068000     2.090000 !
                ! for propene, yin/adm jr., 12/95
CE2    0.000000  -0.064000     2.080000 !
                ! for ethene, yin/adm jr., 12/95
CM     0.000000  -0.110000     2.100000 ! ALLOW HEM
                ! Heme (6-liganded): CO ligand carbon (KK 05/13/91)
CP1    0.000000  -0.020000     2.275000   0.000000  -0.010000     1.900000 ! ALLOW   ALI
                ! alkane update, adm jr., 3/2/92
CP2    0.000000  -0.055000     2.175000   0.000000  -0.010000     1.900000 ! ALLOW   ALI
                ! alkane update, adm jr., 3/2/92
CP3    0.000000  -0.055000     2.175000   0.000000  -0.010000     1.900000 ! ALLOW   ALI
                ! alkane update, adm jr., 3/2/92
CPA    0.000000  -0.090000     1.800000 ! ALLOW HEM
                ! Heme (6-liganded): porphyrin macrocycle (KK 05/13/91)
CPB    0.000000  -0.090000     1.800000 ! ALLOW HEM
                ! Heme (6-liganded): porphyrin macrocycle (KK 05/13/91)
CPH1   0.000000  -0.050000     1.800000 ! ALLOW ARO
                ! adm jr., 10/23/91, imidazole solvation and sublimation
CPH2   0.000000  -0.050000     1.800000 ! ALLOW ARO
                ! adm jr., 10/23/91, imidazole solvation and sublimation
CPM    0.000000  -0.090000     1.800000 ! ALLOW HEM
                ! Heme (6-liganded): porphyrin macrocycle (KK 05/13/91)
CPT    0.000000  -0.090000     1.800000   0.000000  -0.090000     1.900000 ! ALLOW   ARO
                ! benzene (JES)
CS     0.000000  -0.110000     2.200000 ! ALLOW SUL
                ! methylthiolate to water and F.E. of solvation, adm jr. 6/1/92
CT1    0.000000  -0.020000     2.275000   0.000000  -0.010000     1.900000 ! ALLOW   ALI
                ! isobutane pure solvent properties, adm jr, 2/3/92
CT2    0.000000  -0.055000     2.175000   0.000000  -0.010000     1.900000 ! ALLOW   ALI
                ! propane pure solvent properties, adm jr, 2/3/92
CT3    0.000000  -0.080000     2.060000   0.000000  -0.010000     1.900000 ! ALLOW   ALI
                ! methane/ethane a.i. and ethane pure solvent, adm jr, 2/3/92
CY     0.000000  -0.070000     1.992400 ! ALLOW   ARO
                ! TRP, JWK 08/29/89
! carbon wildcards, following atom order is essential for accurate results
!C*     0.000000  -0.070000     2.000000
!CP%    0.000000  -0.090000     1.800000
!C%1    0.000000  -0.020000     2.275000   0.000000  -0.010000     1.900000
!C%2    0.000000  -0.055000     2.175000   0.000000  -0.010000     1.900000
!C%3    0.000000  -0.080000     2.060000   0.000000  -0.010000     1.900000
!CPH+   0.000000  -0.050000     1.800000
!C      0.000000  -0.110000     2.000000
!CA     0.000000  -0.070000     1.992400
!CE1    0.000000  -0.068000     2.090000
!CE2    0.000000  -0.064000     2.080000
!CM     0.000000  -0.110000     2.100000
!CP3    0.000000  -0.055000     2.175000   0.000000  -0.010000     1.900000 ! ALLOW   ALI
!CPT    0.000000  -0.090000     1.800000   0.000000  -0.090000     1.900000
!CS     0.000000  -0.110000     2.200000
!CY     0.000000  -0.070000     1.992400

H      0.000000  -0.046000     0.224500 ! ALLOW PEP POL SUL ARO ALC
                ! same as TIP3P hydrogen, adm jr., 7/20/89
HA     0.000000  -0.022000     1.320000 ! ALLOW PEP ALI POL SUL ARO PRO ALC
                ! methane/ethane a.i. and ethane pure solvent, adm jr, 2/3/92
HE1    0.000000  -0.031000     1.250000 !
                ! for propene, yin/adm jr., 12/95
HE2    0.000000  -0.026000     1.260000 !
                ! for ethene, yin/adm jr., 12/95
HB     0.000000  -0.022000     1.320000 ! ALLOW PEP ALI POL SUL ARO PRO ALC
                ! methane/ethane a.i. and ethane pure solvent, adm jr, 2/3/92
HC     0.000000  -0.046000     0.224500 ! ALLOW POL
                ! new, small polar Hydrogen, see also adm jr. JG 8/27/89
HP     0.000000  -0.030000     1.358200   0.000000  -0.030000     1.358200 ! ALLOW ARO
                ! JES 8/25/89 values from Jorgensen fit to hydration energy
HR1    0.000000  -0.046000     0.900000 ! ALLOW ARO
                ! adm jr., 6/27/90, his
HR2    0.000000  -0.046000     0.700000 ! ALLOW ARO
                ! adm jr., 6/27/90, his
HR3    0.000000  -0.007800     1.468000 ! ALLOW ARO
                ! adm jr., 3/24/92, maintain old aliphatic H VDW params
HS     0.000000  -0.100000     0.450000 ! ALLOW SUL
                ! methanethiol pure solvent, adm jr., 6/22/92
HT     0.000000  -0.046000     0.224500 ! ALLOW WAT
                !TIP3P HYDROGEN PARAMETERS, adm jr., NBFIX obsolete
! hydrogen wildcards
!H*     0.000000  -0.046000     0.224500
!HA     0.000000  -0.022000     1.320000
!HE1    0.000000  -0.031000     1.250000
!HE2    0.000000  -0.026000     1.260000
!HB     0.000000  -0.022000     1.320000
!HP     0.000000  -0.030000     1.358200   0.000000  -0.030000     1.358200
!HR1    0.000000  -0.046000     0.900000
!HR2    0.000000  -0.046000     0.700000
!HR3    0.000000  -0.007800     1.468000
!HS     0.000000  -0.100000     0.450000
!
N      0.000000  -0.200000     1.850000   0.000000  -0.000100     1.850000 ! ALLOW   PRO
                ! 6-31g* AcProNH2, ProNH2, 6-31g*//3-21g AcProNHCH3 RLD 4/23/93
NC2    0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW   POL
                ! JG 8/27/89; note: NH1 in ARG was changed to NC2.
NH1    0.000000  -0.200000     1.850000   0.000000  -0.200000     1.550000 ! ALLOW   PEP POL ARO
                ! This 1,4 vdW allows the C5 dipeptide minimum to exist.(LK)
NH2    0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW   POL
                ! adm jr.
NH3    0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW   POL
                ! adm jr.
NP     0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW  PRO
                ! N-terminal proline; from 6-31g* +ProNH2  RLD 9/28/90
NPH    0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW HEM
                ! Heme (6-liganded): porphyrin macrocycle (KK 05/13/91)
NR1    0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW ARO
                ! His, adm jr., 9/4/89
NR2    0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW ARO
                ! His, adm jr., 9/4/89
NR3    0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW ARO
                ! His, adm jr., 9/4/89
NY     0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW   ARO
                ! trp, JWK
! nitrogen wildcards
!N*     0.000000  -0.200000     1.850000
!N      0.000000  -0.200000     1.850000   0.000000  -0.000100     1.850000
!NH1    0.000000  -0.200000     1.850000   0.000000  -0.200000     1.550000
!
O      0.000000  -0.120000     1.700000   0.000000  -0.120000     1.400000 ! ALLOW   PEP POL
                ! This 1,4 vdW allows the C5 dipeptide minimum to exist.(LK)
OB     0.000000  -0.120000     1.700000   0.000000  -0.120000     1.400000 ! ALLOW   PEP POL ARO
                ! adm jr., 10/17/90, acetic acid carbonyl O
OC     0.000000  -0.120000     1.700000 ! ALLOW   POL ION
                ! JG 8/27/89
OH1    0.000000  -0.152100     1.770000 ! ALLOW   ALC ARO
                ! adm jr. 8/14/90, MeOH nonbond and solvent (same as TIP3P)
OM     0.000000  -0.120000     1.700000 ! ALLOW HEM
                ! Heme (6-liganded): CO ligand oxygen (KK 05/13/91)
OS     0.000000  -0.152100     1.770000 ! ALLOW   ALC ARO
                ! adm jr. 9/17/90, avoid O* wildcard
OT     0.000000  -0.152100     1.768200 ! ALLOW   WAT
                !TIP3P OXYGEN PARAMETERS, adm jr., NBFIX obsolete
! oxygen wildcards
!O*     0.000000  -0.120000     1.700000   0.000000  -0.120000     1.400000
!OC     0.000000  -0.120000     1.700000
!OH1    0.000000  -0.152100     1.770000
!OM     0.000000  -0.120000     1.700000
!OS     0.000000  -0.152100     1.770000
!OT     0.000000  -0.152100     1.768200

!CAL    0.000000  -0.120000     1.710000 ! ALLOW ION
!                !Calcium (BP)
FE     0.010000   0.000000     0.650000 ! ALLOW HEM
                ! Heme (6-liganded): Iron atom (KK 05/13/91)
S      0.000000  -0.450000     2.000000 ! ALLOW   SUL ION
                ! adm jr., 3/3/92, methanethiol/ethylmethylsulfide pure solvent
SM     0.000000  -0.380000     1.975000 ! ALLOW  SUL  ION
                ! adm jr., 3/3/92, dimethyldisulphide pure solvent
SS     0.000000  -0.470000     2.200000 ! ALLOW  SUL
                ! methylthiolate to water and F.E. of solvation, adm jr. 6/1/92
ZN     0.000000  -0.250000     1.090000 ! ALLOW  ION
                ! RHS March 18, 1990
DUM    0.000000  -0.000000     0.000000 !
                ! dummy atom
HE     0.000000  -0.021270     1.4800   !
                ! helium, experimental pot. energy surface, adm jr., 12/95
NE     0.000000  -0.086000     1.5300
                ! neon, semiempirical pot. energy surface, adm jr., 12/95
!lipids section
HOL      0.0       -0.046     0.2245
HAL1     0.0       -0.022     1.3200 ! alkane, 3/92
HAL2     0.0       -0.028     1.3400 ! alkane, yin and mackerell, 4/98
HAL3     0.0       -0.024     1.3400 ! alkane, yin and mackerell, 4/98
HCL      0.0       -0.046     0.2245 ! ethanolamine
!HT       0.0       -0.046     0.2245
HL       0.0       -0.046     0.7    ! polar H on NC4+
HEL1     0.0       -0.031     1.25   ! alkene, yin,adm jr., 12/95
HEL2     0.0       -0.026     1.26   ! alkene, yin,adm jr., 12/95
!
CL       0.0       -0.070     2.00   ! methyl acetate update
CTL1     0.0       -0.0200    2.275 0.0 -0.01 1.9 ! alkane, 3/92
CTL2     0.0       -0.0560    2.010 0.0 -0.01 1.9 ! alkane, 4/98, yin, adm jr.
CTL3     0.0       -0.0780    2.040 0.0 -0.01 1.9 ! alkane, 4/98, yin, adm jr.
CTL5     0.0       -0.0800    2.06  0.0 -0.01 1.9 ! old CTL3
                                                  ! maintained for tetramethylammonium
CEL1     0.0       -0.068     2.09   ! alkene, yin,adm jr., 12/95
CEL2     0.0       -0.064     2.08   ! alkene, yin,adm jr., 12/95
!
OBL      0.0       -0.12      1.70  0.0 -0.12 1.4
OCL      0.0       -0.12      1.70
O2L      0.0       -0.12      1.70
OHL      0.0       -0.1521    1.77
OSL      0.0       -0.1521    1.77
!OT       0.0       -0.1521    1.7682
!
NH3L     0.0       -0.20      1.85  ! ethanolamine
NTL      0.0       -0.20      1.85  ! as all other nitogens
!
SL       0.0       -0.47      2.1   ! methylsulfate
PL       0.0       -0.585     2.15  ! ADM Jr.
!DUM      0.0       -0.00      0.0   ! dummy atom
!
! ions, note lack of NBFIXes
!
SOD      0.0       -0.0469    1.36375   ! sodium
                   ! D. Beglovd and B. Roux, dA=-100.8 kcal/mol
POT      0.0       -0.0870    1.76375   ! potassium
                   ! D. Beglovd and B. Roux, dA=-82.36+2.8 = -79.56 kca/mol
CLA      0.0       -0.150      2.27     ! chloride
                   ! D. Beglovd and B. Roux, dA=-83.87+4.46 = -79.40 kcal/mol
CAL      0.0       -0.120      1.367    ! Calcium
                   ! S. Marchand and B. Roux, dA = -384.8 kcal/mol
MG       0.0       -0.0150    1.18500   ! Magnesium
                   ! B. Roux dA = -441.65
CES      0.0       -0.1900    2.100
                   ! Cesium, so far untested.
怎样看力场文件？比如：文献中碳碳的epsilon=0.086Kcal/mol,碳氧的epsilon=0.114333，在上面给的参数中碳碳的epsilon是多少？碳氧的epsilon是多少？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-23 20:12:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-24 10:26:43
你这里似乎没有给出LJ参数，看起来好象是键伸缩的参数。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-23 20:26:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-24 10:05:15
这是charmm 力场的文件, top 和par 都有详细的注释, 以!开头
这里面有你想要的很多信息

!epsilon: kcal/mole, Eps,i,j = sqrt(eps,i * eps,j)
表示每对Eps 的数值为两个原子的几何平均

!atom  ignored    epsilon      Rmin/2   ignored   eps,1-4       Rmin/2,1-4
表示第三项是Eps 的数值

不清楚你说的C 和O 是什么类型,
举个羰基C,O的例子
CC     0.000000  -0.070000     2.000000 ! ALLOW   PEP POL ARO
OC     0.000000  -0.120000     1.700000 ! ALLOW   POL ION
上面两行是这两个原子的, 为什么这两行是? 这是常识, 入行必须知道
碳碳的epsilon=-sqrt(0.07*0.07), 碳氧的epsilon=-sqrt(0.07*0.12)
不同原子类型的参数天差地别, 不同力场的参数也是各自为政
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-06-24 09:22:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jianchaoyv 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297求调剂 +5 戏精丹丹丹 2026-03-17 5/250 2026-03-18 12:46 by Linda Hu
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +4 ioodiiij 2026-03-17 4/200 2026-03-18 12:36 by Linda Hu
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +5 慕寒mio 2026-03-16 5/250 2026-03-17 21:31 by hmn_wj
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 302求调剂 +9 负心者当诛 2026-03-11 9/450 2026-03-17 17:13 by ruiyingmiao
[考研] 26考研求调剂 +6 丶宏Sir 2026-03-13 6/300 2026-03-17 16:13 by 醉在风里
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +6 SUICHILD 2026-03-12 6/300 2026-03-17 09:24 by 雾散后相遇lc
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 0703 物理化学调剂 +3 我可以上岸的对� 2026-03-13 5/250 2026-03-16 10:50 by 我可以上岸的对�
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 321求调剂（食品/专硕） +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭