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liuxianlv金虫 (正式写手)
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【求助】请教MS周期箱中初始模型进行压缩处理 已有3人参与
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读文献遇到困惑，请教一下各位大侠，谢谢！ “MD模拟 在compass力场下,取NVT系综,对纯TATB晶体进行MD模拟,时间步长1 fs,模拟8 ×104步,体系达到平衡后,密度为1. 94 g/ cm3. 再模拟8 ×104步保存轨迹,最后进行静态力学分析. 对图1所示周期箱中的PBX初始模型进行压缩处理,直到接近理论密度(1. 81 g/ cm3 ) ;然后进行NVT系综下的MD模拟,与纯TATB类似,以8 ×104步求得PBX平衡构型(见图2). 再模拟8 ×104步保存轨迹,最后进行静态力学分析.” 对这段话，我有以下不解： 1。 体系达到平衡后,密度为1. 94 g/ cm3，这个密度怎么得来的，输出文件会有吗？ 2。对图1所示周期箱中的PBX初始模型进行压缩处理,直到接近理论密度(1. 81 g/ cm3 )，这个怎么进行压缩处理，怎么设置？压缩后在哪儿看的到密度是接近1. 81 g/ cm3。 3。静态力学分析是怎么分析的啊？是用discover的那个analysis吗？ 谢谢各位了！本实验室没有师兄师姐教自己瞎整，是很困难啊 |
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