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【求助/交流】有没有会用PHYLIP做进化树的交流一下？ 已有6人参与
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看一篇文献中用PHYLIP软件包中的的Neighbor-Joining缺省参数画进化树。 研究了一下这个软件，大多讲的是输入序列或者参数来构建系统发生树，但是我这边是对每个物种提取一系列参数，每个物种构成一组数据，然后再形成物种间的距离矩阵，现在搞不清楚如何将矩阵用软件包来进行计算，用什么样的格式输入我的矩阵我也不太明白，请各位高手进来帮忙看一下吧，谢谢了。 ps，看过一篇北大学报上的一篇文章，也是这样做的，这是他说的步骤 ========================================== (1) 从序列数据库获得序列文件,处理成为适合压缩的文本样式; (2) 对任意两物种序列进行拼接,利用Gencompress 压缩序列; (3) 根据距离矩阵元定义,计算S′AB ,获得距离矩阵; (4) 利用PHYLIP 软件包中的Neighbor2Joining[11 ] 缺省参数画进化树; (5) 用treeview 软件(http  Ptaxonomy. zoology. gla. ac. ukP rodP rod. html) 显示结果。============================================= 不知道我理解的对不对，应该也是这样做吧。 |
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7楼2010-06-29 16:51:02