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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】酶在同源建模以后，如何插入催化活性中心的金属离子？
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obuchi2001

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】酶在同源建模以后，如何插入催化活性中心的金属离子？ 已有1人参与

如题，最近在做一个蛋白酶的亚型的同源模型，但是因为这个家族的酶都有一个或者多个金属离子作为催化活性中心。蛋白建模的时候只能比对序列，不能插入金属离子。不知道有没有同行做过类似的工作，盼赐教！

我用的软件是MOE，谢谢！
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1楼 2010-06-21 09:38:46
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
obuchi2001(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-22 10:53:11
引用回帖:
Originally posted by obuchi2001 at 2010-06-21 09:38:46:
如题，最近在做一个蛋白酶的亚型的同源模型，但是因为这个家族的酶都有一个或者多个金属离子作为催化活性中心。蛋白建模的时候只能比对序列，不能插入金属离子。不知道有没有同行做过类似的工作，盼赐教！

我用 ...

MOE的同源模建模块效果貌似不是特别好，如果你用免费的同源模建软件MODELLER，其GUI有一个带杂原子模建的选项，可以直接加上金属离子和辅因子，详情可以本版块一关于同源模建的帖子~
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2010-06-21 22:55:55
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