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CADD

银虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-15 10:30:04
LibDock和LigandFit好像做虚拟筛选时比较常用。CDOCKER和flexible docking可以做小分子的对接吧。
11楼2010-07-14 21:53:05
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深兰色

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-16 09:26:47
操作很简单 帮助一定要看 关键是如何应用了
再累再苦,就当自己是二百五,再难再险,就当自己是二皮脸
12楼2010-07-16 09:23:57
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淘佩塔

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
947862楼: Originally posted by tingjun at 2010-06-25 09:57:19
DS中的小分子受体对接有4种,LibDock和LigandFit是半柔性对接,而CDOCKER和flexible docking是柔性对接,要看具体的体系

你好~想问你个问题啊,我用时的flexible docking,对接之后又score和pose,我按从高到低的顺序进行排列,之后跑了MM-PBSA,发现有些分低的复合体的结合自由能反而低一些,有的score是负值,但算完MM-PBSA之后的结合自由能反而是负值,而且很小,是我计算的过程有问题吗?不是score越高结合的越好,结合自由能越低吗(一般为负值)?我的理解有问题吗?
13楼2013-01-12 11:08:20
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