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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】哪位能帮忙写一下DS中小分子和蛋白对接的方法啊？计算一下能量什么的？非常感
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银虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-15 10:30:04
LibDock和LigandFit好像做虚拟筛选时比较常用。CDOCKER和flexible docking可以做小分子的对接吧。
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11楼2010-07-14 21:53:05
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深兰色

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-16 09:26:47
操作很简单 帮助一定要看 关键是如何应用了
赞一下(2人) 回复此楼
再累再苦，就当自己是二百五，再难再险，就当自己是二皮脸
12楼2010-07-16 09:23:57
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淘佩塔

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
947862楼: Originally posted by tingjun at 2010-06-25 09:57:19
DS中的小分子受体对接有4种，LibDock和LigandFit是半柔性对接，而CDOCKER和flexible docking是柔性对接，要看具体的体系

你好~想问你个问题啊，我用时的flexible docking，对接之后又score和pose，我按从高到低的顺序进行排列，之后跑了MM-PBSA，发现有些分低的复合体的结合自由能反而低一些，有的score是负值，但算完MM-PBSA之后的结合自由能反而是负值，而且很小，是我计算的过程有问题吗？不是score越高结合的越好，结合自由能越低吗（一般为负值）？我的理解有问题吗？
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13楼2013-01-12 11:08:20
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