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kevinding

至尊木虫 (小有名气)

应助: 9 (幼儿园)
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虫号: 300722
注册: 2006-11-26
性别: GG
专业: 理论法学

[交流] 【求助】哪位能帮忙写一下DS中小分子和蛋白对接的方法啊？计算一下能量什么的？非常感已有8人参与

哪位能帮忙写一下DS中小分子和蛋白对接的方法啊？计算一下能量什么的？非常感谢！
我现在就能导入蛋白和小分子结构怎么连接一直不会弄哪位能指导一下非常感谢！！！

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1楼 2010-06-20 13:55:20

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

淘佩塔

新虫 (小有名气)

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引用回帖:

947862楼: Originally posted by tingjun at 2010-06-25 09:57:19
DS中的小分子受体对接有4种，LibDock和LigandFit是半柔性对接，而CDOCKER和flexible docking是柔性对接，要看具体的体系

你好~想问你个问题啊，我用时的flexible docking，对接之后又score和pose，我按从高到低的顺序进行排列，之后跑了MM-PBSA，发现有些分低的复合体的结合自由能反而低一些，有的score是负值，但算完MM-PBSA之后的结合自由能反而是负值，而且很小，是我计算的过程有问题吗？不是score越高结合的越好，结合自由能越低吗（一般为负值）？我的理解有问题吗？