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amo11000金虫 (小有名气)
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【求助】谁能帮忙设计一个查找蛋白质序列中的氨基酸重复的软件？ 已有1人参与
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有三条FASTA格式的蛋白质序列， >sp|Q8JIV9|AGGA1_AGKAC Agglucetin subunit alpha-1 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1 MGRFIFVSFGLLLLLLVVFLSLSGTGADVDCLPGWSAYDQSCYRVFKLLKTWDDAEKFCTERPK GGHLVSIESAGERDFVAQLVSENKQTDNVWLGLKIQSKGQQCSTEWTDGSSVSYENFSEY QSKKCFVLEKNTGFRTWLNLNCGSEYAFVCKSPPRTRTRTRTRT >sp|Q8AYA5|AGGA2_AGKAC Agglucetin subunit alpha-2 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1 MGRFIFVSFGLLVVFLSLSGTGADFNCPPGWSAYDQYCYQVIKEPKNWDDAERFCTEQAD GGHLVSIESKGERDFVAQLVSQNIESVEDHVWTGLRVQNKEKQCSTEWSDGSSVSYENLL ELYMRKCGALERETGFHKWINLGCIQLNPFVCKFPPQCPPQCPPQCPPQC >sp|Q9I841|AGGA_AGKRH Rhodocytin subunit alpha OS=Agkistrodon rhodostoma PE=1 SV=1 GLEDCDFGWSPYDQHCYQGLEGLEGLEGLEAFNEQKTWDEAEKFCRAQENGAHLASIESNGEADFVSWLISQKDELADEDYVWIGLRAQNKEQQCSSEWSDGSSVSYENLIDLHTKKCGALEKLTGFRKWVN YYCEQMHAFVCKLLPY 现想查找其中氨基酸重复，例如LLLLLL, LVCLVCLVC，一共有20种氨基酸，所有这一类的串联的重复都要被找到，请问谁能帮忙设计一个这样的软件。 |
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2楼2010-06-27 16:53:39
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