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amo11000

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[交流] 【求助】谁能帮忙设计一个查找蛋白质序列中的氨基酸重复的软件？已有1人参与

有三条FASTA格式的蛋白质序列，
>sp|Q8JIV9|AGGA1_AGKAC Agglucetin subunit alpha-1 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1
MGRFIFVSFGLLLLLLVVFLSLSGTGADVDCLPGWSAYDQSCYRVFKLLKTWDDAEKFCTERPK
GGHLVSIESAGERDFVAQLVSENKQTDNVWLGLKIQSKGQQCSTEWTDGSSVSYENFSEY
QSKKCFVLEKNTGFRTWLNLNCGSEYAFVCKSPPRTRTRTRTRT
>sp|Q8AYA5|AGGA2_AGKAC Agglucetin subunit alpha-2 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1
MGRFIFVSFGLLVVFLSLSGTGADFNCPPGWSAYDQYCYQVIKEPKNWDDAERFCTEQAD
GGHLVSIESKGERDFVAQLVSQNIESVEDHVWTGLRVQNKEKQCSTEWSDGSSVSYENLL
ELYMRKCGALERETGFHKWINLGCIQLNPFVCKFPPQCPPQCPPQCPPQC
>sp|Q9I841|AGGA_AGKRH Rhodocytin subunit alpha OS=Agkistrodon rhodostoma PE=1 SV=1
GLEDCDFGWSPYDQHCYQGLEGLEGLEGLEAFNEQKTWDEAEKFCRAQENGAHLASIESNGEADFVSWLISQKDELADEDYVWIGLRAQNKEQQCSSEWSDGSSVSYENLIDLHTKKCGALEKLTGFRKWVN
YYCEQMHAFVCKLLPY
现想查找其中氨基酸重复，例如LLLLLL, LVCLVCLVC，一共有20种氨基酸，所有这一类的串联的重复都要被找到，请问谁能帮忙设计一个这样的软件。

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1楼 2010-06-18 10:31:37

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movren

新虫 (初入文坛)

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
余泽成(金币+1):谢谢参与应助！ 2010-06-27 21:36:11

引用回帖:

Originally posted by amo11000 at 2010-06-18 10:31:37:
有三条FASTA格式的蛋白质序列，
>sp|Q8JIV9|AGGA1_AGKAC Agglucetin subunit alpha-1 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1
MGRFIFVSFGLLLLLLVVFLSLSGTGADVDCLPGWSAYDQSCYRVFKLLKTWDDAEKFCTERPK
GGHLVSIESAGERD ...

抱歉，刚刚才看到你给我的站内信，我看你的意思就是寻找k-mer，相同的k联体有多少吧，这个应该不难，你要的k联体，k是要从多少到多少啊？
我自己编过一个dna序列的k-mer计数程序，氨基酸一样的，dna是四进制，氨基酸就把四进制改了就好了，然后看k联体有多少个，比如基因序列的2联体aa是1，tt就是16，挨个统计，累加就好，我用vb编的，不复杂

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