24小时热门版块排行榜

返回列表

amo11000

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2431.2
散金: 35
红花: 1
帖子: 257
在线: 292小时
虫号: 531672
注册: 2008-03-23
专业: 生物信息学

[交流] 【求助】谁能帮忙设计一个查找蛋白质序列中的氨基酸重复的软件？已有1人参与

有三条FASTA格式的蛋白质序列，
>sp|Q8JIV9|AGGA1_AGKAC Agglucetin subunit alpha-1 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1
MGRFIFVSFGLLLLLLVVFLSLSGTGADVDCLPGWSAYDQSCYRVFKLLKTWDDAEKFCTERPK
GGHLVSIESAGERDFVAQLVSENKQTDNVWLGLKIQSKGQQCSTEWTDGSSVSYENFSEY
QSKKCFVLEKNTGFRTWLNLNCGSEYAFVCKSPPRTRTRTRTRT
>sp|Q8AYA5|AGGA2_AGKAC Agglucetin subunit alpha-2 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1
MGRFIFVSFGLLVVFLSLSGTGADFNCPPGWSAYDQYCYQVIKEPKNWDDAERFCTEQAD
GGHLVSIESKGERDFVAQLVSQNIESVEDHVWTGLRVQNKEKQCSTEWSDGSSVSYENLL
ELYMRKCGALERETGFHKWINLGCIQLNPFVCKFPPQCPPQCPPQCPPQC
>sp|Q9I841|AGGA_AGKRH Rhodocytin subunit alpha OS=Agkistrodon rhodostoma PE=1 SV=1
GLEDCDFGWSPYDQHCYQGLEGLEGLEGLEAFNEQKTWDEAEKFCRAQENGAHLASIESNGEADFVSWLISQKDELADEDYVWIGLRAQNKEQQCSSEWSDGSSVSYENLIDLHTKKCGALEKLTGFRKWVN
YYCEQMHAFVCKLLPY
现想查找其中氨基酸重复，例如LLLLLL, LVCLVCLVC，一共有20种氨基酸，所有这一类的串联的重复都要被找到，请问谁能帮忙设计一个这样的软件。

回复此楼

» 猜你喜欢

体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低已经有14人回复
网上报道青年教师午睡中猝死、熬夜猝死的越来越多，主要哪些原因引起的？已经有4人回复
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？已经有10人回复
版面费该交吗已经有12人回复
面上可以超过30页吧？已经有5人回复
“人文社科而论，许多学术研究还没有达到民国时期的水平” 已经有5人回复
什么是人一生最重要的？已经有4人回复

1楼 2010-06-18 10:31:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

movren

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 31.8
帖子: 23
在线: 3.6小时
虫号: 1015651
注册: 2010-05-10

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
余泽成(金币+1):谢谢参与应助！ 2010-06-27 21:36:11

引用回帖:

Originally posted by amo11000 at 2010-06-18 10:31:37:
有三条FASTA格式的蛋白质序列，
>sp|Q8JIV9|AGGA1_AGKAC Agglucetin subunit alpha-1 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1
MGRFIFVSFGLLLLLLVVFLSLSGTGADVDCLPGWSAYDQSCYRVFKLLKTWDDAEKFCTERPK
GGHLVSIESAGERD ...

抱歉，刚刚才看到你给我的站内信，我看你的意思就是寻找k-mer，相同的k联体有多少吧，这个应该不难，你要的k联体，k是要从多少到多少啊？
我自己编过一个dna序列的k-mer计数程序，氨基酸一样的，dna是四进制，氨基酸就把四进制改了就好了，然后看k联体有多少个，比如基因序列的2联体aa是1，tt就是16，挨个统计，累加就好，我用vb编的，不复杂

赞一下(2人)