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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】对称分子如何完美构建
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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heyo_123(金币+5):鼓励交流！！ 2010-06-12 10:55:12
如果五元环下面有两个双键, 假定是个平面的话, 问题也十分复杂
亚甲基两侧的二面角都可以自由旋转, 如果12度一个构象的话
共需分析10^4种, 也即10000种构象, 考虑到对称也有近5000种
每种都会以一定概率存在
系统解答这个问题需要metadynamics 或构象分析吧

如果5元环不共面, 问题更加复杂

推荐一篇文献
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp100950w

[ Last edited by bay__gulf on 2010-6-10 at 21:56 ]
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11楼2010-06-10 21:54:37
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
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引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-06-10 21:37:25:

呵呵，hairan老师，不是小卒要拆您的台，而是如下：
我思考了下，如果五元环如果是平的，那么确实能搭出C2v结构的，这种结构是五元环、两个六元环、两个正四面体型的C、两端的C、羰基氧全部在一个平面 ...

这个不算拆台，讨论嘛！
我开始看错了，后来说平面的意思，bay那里已经说了，就是在五元环的下面有两个双键，使环能维持平面，
这样可以搭出c2v，除了这种情况以外，你还真搭建不出c2v的结构
另外，在你说的情况中，六元环可以不必在同一个平面内，垂直也行
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
12楼2010-06-10 22:38:48
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
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heyo_123(金币+1):鼓励交流！！ 2010-06-12 10:54:45
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-10 21:54:37:
如果五元环下面有两个双键, 假定是个平面的话, 问题也十分复杂
亚甲基两侧的二面角都可以自由旋转, 如果12度一个构象的话
共需分析10^4种, 也即10000种构象, 考虑到对称也有近5000种
每种都会以一定概率存在
...

咱们现在讨论的是怎么搭建出特定的结构
肯定无法考虑那些二面角去，如果去考虑每个角度的能量等信息，那是开发力场的人要做的事情。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
13楼2010-06-10 22:41:37
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penta8165

木虫 (小有名气)
非常感谢hairan ，zhangfq7112 ，小卒，bay__gulf 等高手的回复。学到很多，现正在用GV慢慢构建，谢谢大家！
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14楼2010-06-11 18:44:56
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