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cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
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[交流]
【求助】按照ICSD的数据在MS中建模遇到原子相距太近怎么处理?已有6人参与
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建模过程:进入MS-Build-Crystals-选择点群-输入晶格参数-输入原子位置(这里是一个Mn原子位置,两个O原子位置) 问题: (1)相临O原子之间的间隔非常小(~0.5 Angstrom),这样的晶体结构是"好"的晶体吗? (2)这样的模型可以作为输入结构来计算吗? 根据后面所附的ICSD建的模型如下:  ICSD数据如下: *data for ICSD #78331 CopyRight ?2005 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of Commerce on behalf of the United States. All rights reserved. Coll Code 78331 Rec Date 1996/04/22 Mod Date 1999/01/19 Chem Name Manganese Oxide - Gamma Structured Mn O2 Sum Mn1 O2 ANX AX2 Min Name Ramsdellite D(calc) 4.88 Title A powder neutron diffraction study of lambda and gamma manganese dioxide and of Li Mn2 O4 Author(s) Fong, C.;Kennedy, B.J.;Elcombe, M.M. Reference Zeitschrift fuer Kristallographie (149,1979-) (1994), 209, 941-945 Unit Cell 9.3229(11) 4.4533(7) 2.8482(3) 90. 90. 90. Vol 118.25 Z 4 Space Group P n a m SG PNAM SG Number 62 Cryst Sys orthorhombic Laue Class mmm Pearson oP12 Wyckoff c3 R Value .0427 Symmetry 1 x+.5, -y+.5, z 2 x, y, -z+.5 3 -x+.5, y+.5, z+.5 4 -x, -y, -z 5 -x+.5, y+.5, -z 6 -x, -y, z+.5 7 x+.5, -y+.5, -z+.5 8 x, y, z Red Cell P 2.848 4.453 9.322 90 89.999 89.999 118.251 Trans Red 0.000 0.000 -1.000 / 0.000 1.000 0.000 / 1.000 0.000 0.000 Comments PDF 44-142. R(Bragg)=0.0134 Compound with mineral name: Ramsdellite Neutron diffraction (powder) The structure has been assigned a PDF number: 44-142. Rietveld profile refinement applied Calculated density unusual but tolerable. Atom # OX SITE x y z SOF H ITF(U) Mn 1 +4 4 c 0.1203(15) 0.0130(33) 0.25 1. 0 0 O 1 -2 4 c 0.0356(15) 0.2311(15) 0.75 1. 0 0.025(3) O 2 -2 4 c 0.2842(12) 0.2934(20) 0.25 1. 0 0 Lbl Type U11 U22 U33 U12 U13 U23 Mn1 Mn4+ 0.020(4) 0.029(5) 0.017(3) 0.013(4) 0 0 O2 O2- 0.006(3) 0.050(5) 0.008(3) -.027(3) 0 0 *end for ICSD #78331 [ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 22:49 ] |
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