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tingjun

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】antechamber中遇到的问题 已有6人参与

我的小分子是从晶体结构的PDB中提取得到的,但是我在用antechamber将其转化为mol2的时候出现错误
antechamber -i lig_new.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

1 is not a valid atom id in CONECT    1    2    6    9
我该怎么办啊?都改了还是不行
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tingjun

木虫 (小有名气)

已经把氢都补全了
5楼2010-06-14 08:43:54
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tingjun

木虫 (小有名气)

没有加氢,直接就是用的蛋白晶体中的小分子
3楼2010-06-03 08:02:46
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ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-05 08:03:28
本帖内容被屏蔽

4楼2010-06-04 20:25:17
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chuan0752

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-18 08:28:14
看看是不是有原子类型它不认
6楼2010-06-17 22:53:09
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