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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】antechamber中遇到的问题
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tingjun

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】antechamber中遇到的问题 已有6人参与

我的小分子是从晶体结构的PDB中提取得到的，但是我在用antechamber将其转化为mol2的时候出现错误
antechamber -i lig_new.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

1 is not a valid atom id in CONECT    1    2    6    9
我该怎么办啊？都改了还是不行
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1楼 2010-06-01 11:45:38
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-01 20:26:33
本帖内容被屏蔽
2楼2010-06-01 17:09:41
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tingjun

木虫 (小有名气)
没有加氢，直接就是用的蛋白晶体中的小分子
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3楼2010-06-03 08:02:46
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-05 08:03:28
本帖内容被屏蔽
4楼2010-06-04 20:25:17
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tingjun

木虫 (小有名气)
已经把氢都补全了
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5楼2010-06-14 08:43:54
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chuan0752

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-18 08:28:14
看看是不是有原子类型它不认
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6楼2010-06-17 22:53:09
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zhuzhilin

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-07 10:24:32
把连接信息删掉
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7楼2010-07-06 20:00:58
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tingjun

木虫 (小有名气)
好的，谢谢！
zhuzhilin  
新虫 (初入文坛)
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8楼2010-07-07 21:51:36
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xd200620940

铜虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-10 14:35:10
楼上所有的回复都是antechamber出错的可能，但不是解决你的问题的答案。

真正的原因是因为：leap无法识别antechamber转化的mol2文件中的原子类型。要手动修改原子类型。
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9楼2011-04-10 11:30:51
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fjeld

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问你的问题解决了吗，是把连接信息删掉就行了吗？
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10楼2011-05-25 00:25:06
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