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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 仿真模拟 » MATLAB » 【求助】使用MATLAB怎么实现拟合力场参数的程序？【已解决】
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】使用MATLAB怎么实现拟合力场参数的程序？【已解决】已有6人参与

可以将根据VDW公式计算出的E_VDW_total视为各个原子间距离r（r是向量）以及原子VDW参数{sigma}、{epsilon}变量集的函数。r (i)代表第i个扫描点的原子间距离向量，定义误差函数ErrF=∑(r(i)下量化计算的能量-r(i)下的E_VDW_total)^2，然后对ErrF对{sigma}和{epsilon}变量集中的每个变量求导得0，如果写出来是线性形式可以用矩阵方程来解，如果不是的话可以用非线性优化方法解，解出{sigma}、{epsilon}，用这样参数计算的VDW作用可以对所有扫描的点的能量都能较好描述。可能说得比较抽象，这与拟合ESP电荷的方法比较像，可看相关文献。

[ Last edited by nono2009 on 2010-12-1 at 08:20 ]
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好好学习，天天向上。
1楼2010-05-31 17:25:07
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zyj8119

木虫 (著名写手)
应该跟最小二乘法差不多。
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好好学习，天天向上。
2楼2010-05-31 19:05:46
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lijinfeng042

木虫 (小有名气)

Matlab
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
你是在问问题呢 还是感觉在....
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工作了,偶尔会上来~可以关注新浪微博 @云是风的梦_Matlab
3楼2010-05-31 20:01:07
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zyj8119

木虫 (著名写手)
我是在问问题，这个是我写的程序，其实跟最小二乘法有关：
   function [a1,b1,a2,b2]=forcefieldfitting(r,e)
        %使用DFT计算的数据拟合力场参数,e是使用量化计算出现的相互作用能，r是两个分子片段之间的距离
        %LJ-12-06公式中的EPSILON(C):a1
        %LJ-12-06公式中的SIGMA(C):b1
        %LJ-12-06公式中的EPSILON(O):a2
        %LJ-12-06公式中的SIGMA(O):b2
        %单个的CO2的能量可以认为是两个O的能量和一个C的能量的加和
       if(length(e)==length(r))
           n=length(e);
       else
           disp('e和r的维数不相等！');
           return;
       end                %维数检查
        A=zeros(4,3)
        B=zeros(4,2);
        for i=1:n
            A(1,1)=A(1,1)+(384*a1^2*b1^23)/r(i)^24;
            A(1,2)=A(1,2)+(192*a1^2*b1^11)/r(i)^12;
            A(1,3)=A(1,3)+(48*a1*e*b1^5)/r(i)^6;
            A(2,1)=A(2,1)+(32*a1*b1^24)/r(i)^24;
            A(2,2)=A(2,2)+(32*a1*b1^12)/r(i)^12
            A(2,3)=A(2,3)+(8*e(i)*b1^6)/r(i)^6;
            A(3,1)=A(3,1)+(1536*a2^2*b2^23)/r(i)^24;
            A(3,2)=A(3,2)+(768*a2^2*b2^23)/r(i)^12;
            A(3,3)=A(3,3)+(96*a2*e(i)*b2^5)/r(i)^6;
            A(4,1)=A(4,1)+(128*a2*b2^24)/r(i)^24;
            A(4,2)=A(4,2)+(128*a2*b2^12)/r(i)^12;
            A(4,3)=A(4,3)+(16*e(i)*b2^6)/r(i)^6;
            B(1,1)=B(1,1)+(576*a1^2*b1^17)/r(i)^18;
            B(1,2)=B(1,2)+(96*a1*e(i)*b1^11)/r(i)^12;
            B(2,1)=B(2,1)+(64*a1*b1^18)/r(i)^18;
            B(2,2)=B(2,2)+(8*e(i)*a1^12)/r(i)^12;
            B(3,1)=B(3,1)+(2304*a2^2*b2^17)/r(i)^18;
            B(3,2)=B(3,2)+(192*a2*e(i)*b2^11)/r(i)^12;
            B(4,1)=B(4,1)+(256*a2*b2^18)/r(i)^18;
            B(4,3)=B(4,3)+(16*e(i)*b2^12)/r(i)^12;
        end
        s=A\B;
        a1=s(1);
        b1=s(2);
        a2=s(3);
        b2=s(4);
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4楼2010-05-31 22:50:07
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
zzuwangshilei(金币+1):鼓励深入讨论自己的帖子 2010-06-01 14:21:17
但是就是运行不出来，我是先用量子化学计算相互作用能，我要计算的是CO2的LJ参数势，计算出来的能量使用E=4*EPSILON(C)((SIGMA(C)**12/R**12-(SIGMA(C)**6/R**6)+2*EPSILON(O)((SIGMA(O)**12/R**12-(SIGMA(O)**6/R**6)然后把此式分别对EPSILON(C),SIGMA(C),EPSILON(O),SIGMA(O)求导，然后命令这些导数等于0，然后利用矩阵的左除，不知道这么做算法对不对？
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5楼2010-05-31 22:53:50
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zyj8119

木虫 (著名写手)
这个程序是别人给我的，注释也不多，大家讨论看看，看具体是什么原理？
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6楼2010-06-01 15:00:55
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zyj8119

木虫 (著名写手)
搞错了，是自己写的程序，我看成是自己另外一个帖子了。
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7楼2010-06-01 15:01:36
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onesupeng

金虫 (职业作家)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zyj8119(金币+4): 2010-06-02 08:18:47
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-05-31 17:25:07:
可以将根据VDW公式计算出的E_VDW_total视为各个原子间距离r（r是向量）以及原子VDW参数{sigma}、{epsilon}变量集的函数。r (i)代表第i个扫描点的原子间距离向量，定义误差函数ErrF=∑(r(i)下量化计算的能量-r(i)下的E_VDW_total)^2，然后对ErrF对{sigma}和{epsilon}变量集中的每个变量求导得0，如果写出来是线性形式可以用矩阵方程来解，如果不是的话可以用非线性优化方法解，解出{sigma}、{epsilon}，用这样参数计算的VDW作用可以对所有扫描的点的能量都能较好描述。可能说得比较抽象，这与拟合ESP电荷的方法比较像，可看相关文献

~~~~~~~~~~~~~~这哪是求助，搞得像导师辅导博士生一样~
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长期招收博士生，参见http://fsl-unsw.com
8楼2010-06-02 06:56:19
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zyj8119

木虫 (著名写手)
ctgu_zheng:可以编辑你的帖子，将你的问题简洁明了的写出来。。 2010-09-01 19:27:31
引用回帖:
Originally posted by onesupeng at 2010-06-02 06:56:19:

~~~~~~~~~~~~~~这哪是求助，搞得像导师辅导博士生一样~

我就是想看看这个MATLAB程序怎么编而已，呵呵。
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9楼2010-06-02 08:19:23
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zyj8119

木虫 (著名写手)
没有人了吗？
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10楼2010-06-02 16:36:13
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