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redskywei木虫 (著名写手)
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【求助】transiesta关闭后可以接着原来的迭代继续算么 已有4人参与
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用transiesta计算时，由于挂载程序过多而内存不足退出，都已经计算到transiesta自洽迭代了： From SIESTA: Efermi= -4.805 qc0 : 0.000 qcn0 : 456.635 nou,NGL,NGR: 3731 832 832 TranSiesta: Qsol,Qtot: 483.480 957.000 1.000 transiesta: TSiscf Eharris(eV) E_KS(eV) FreeEng(eV) dDmax Ef(eV) transiesta: 1 -25796.9060 -25694.0764 -25694.0764 85.4730 -4.8048 timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF 44 118292.741 80.25 elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF 44 59371.237 80.29 timer: Routine,Calls,Time,% = TS 1 28704.656 19.47 elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS 1 14364.325 19.43 TranSiesta: Qsol,Qtot: 534.939 957.000 1.000 transiesta: 2 -88127.8734 12349.9694 12349.9694228.7030 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 488.859 957.000 1.000 transiesta: 3 -56270.7540 -21245.4598 -21245.4598 99.3472 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 488.432 957.000 1.000 transiesta: 4 -55294.0759 -21317.6327 -21317.6327 55.5982 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 479.158 957.000 1.000 transiesta: 5 -53117.3585 -21539.4531 -21539.4531 41.3231 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 470.471 957.000 1.000 transiesta: 6 -52472.9078 -21585.8679 -21585.8679 46.3186 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 515.301 957.000 1.000 transiesta: 7 -55305.2639 -18966.4175 -18966.4175 84.6345 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 463.658 957.000 1.000 transiesta: 8 -47134.7254 -21236.5423 -21236.5423 51.2251 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 456.971 957.000 1.000 transiesta: 9 -44427.7347 -21318.3401 -21318.3401 46.8924 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 444.560 957.000 1.000 transiesta: 10 -43802.3646 -21233.9120 -21233.9120166.2342 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 459.526 957.000 1.000 transiesta: 11 -43144.4210 -21205.0722 -21205.0722 40.8517 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 438.813 957.000 1.000 transiesta: 12 -41201.9274 -20950.2247 -20950.2247 56.0684 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 436.696 957.000 1.000 transiesta: 13 -37944.0731 -21239.0155 -21239.0155 87.3010 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 441.258 957.000 1.000 transiesta: 14 -36116.9398 -21165.2910 -21165.2910 55.2350 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 449.885 957.000 1.000 transiesta: 15 -33992.3977 -21101.5238 -21101.5238 85.3353 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 458.481 957.000 1.000 transiesta: 16 -33016.1655 -21078.3628 -21078.3628104.3443 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 468.988 957.000 1.000 transiesta: 17 -32348.3750 -21035.2013 -21035.2013101.3979 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 482.396 957.000 1.000 transiesta: 18 -30486.7028 -21057.5577 -21057.5577 59.6814 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 482.013 957.000 1.000 transiesta: 19 -29276.6606 -21011.9338 -21011.9338 67.5077 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 510.079 957.000 1.000 transiesta: 20 -26873.0004 -20920.4854 -20920.4854 59.2618 -4.8048 另外有个小问题想问，哪个Qsol对应的电荷数是哪部分的电荷，我的这里是个分数，是电子转移到过渡层了么？ 还有一个关于电极原胞尺度问题： 我给的电极基矢为： 16.198320 0.000000 0.000000 0.000000 16.198320 0.000000 0.000000 0.000000 4.049580 但是不知道怎么到计算散射区时，这里却有个原胞尺度为： Begin LEFT unit cell: 30.6104 0.0000 0.0000 0.0000 30.6104 0.0000 0.0000 0.0000 7.6526 Size: 692224 Efermi: 0.0000000000000000 GF: Spin number -> 1 Got LEFT Electrode GF Done Begin RIGHT unit cell: 30.6104 0.0000 0.0000 0.0000 30.6104 0.0000 0.0000 0.0000 7.6526 Size: 692224 Efermi: -0.0000000000000000 系统也没报错，奇怪。 |
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zhangguangping
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zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2010-05-19 12:13:25
redskywei(金币+8): 2010-05-19 14:52:09
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2010-05-19 12:13:25
redskywei(金币+8): 2010-05-19 14:52:09
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可以接着自洽迭代啊！直接设置DM.UseSaveDM T就可以直接接着算，读取上次的*.TSDE密度矩阵，（这个是transiesta的密度矩阵），如果已经算出*.GF来了，重新计算的时候不想在计算这个了，因为这个花不少的时间。对同一个体系的话，没必要再计算一次了。这个时候就设置一下TS.CalcGF F,这个时候就不会再计算了。你的第二个问题，可能是你对这个还不是很熟悉，或者以前没有注意过。siesta和transiesta内部执行的时候总是用的原子单位。所以那是以原子单位输出的原胞矢量。你是用的Ang做的单位吧。对于电荷的问题，我以前没有关注过，你可以到mail-list里去问一下。你要是知道了，记得告诉我奥。呵呵呵，以后多交流！ [ Last edited by zhangguangping on 2010-5-19 at 04:37 ] |
2楼2010-05-19 11:35:55
redskywei
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嗨 您好~~~ 看了这个贴我还有个问题。 我的output和他有点像。 qsol 和qtol 的值相差很大。 我不知道是什么原因 也不知道该怎样改。 我查maillist 上说 这两个值应该比较接近的。 求指点。 多谢了。 我做的是一个nano电容的计算。 我把input贴在这里 供参考。 # SPECIES AND BASIS # Number of species NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 12 Mg_LDA 2 8 O_LDA 3 79 Au_LDA %endblock ChemicalSpeciesLabel %block PAO.BasisSizes Mg_LDA SZP O_LDA SZP Au_LDA SZP %endblock PAO.BasisSizes PAO.BasisType split ================================================== ================================================== # K-points %block kgrid_Monkhorst_Pack ================================================== ================================================== # UNIT CELL LatticeConstant 4.31132 Ang %block LatticeVectors < lat_AuMgOAu.dat # Atomic coordinates NumberOfAtoms 36 AtomicCoordinatesFormat Fractional %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies < coords_AuMgOAu.dat ================================================== ================================================== # General variables ElectronicTemperature 300 K OccupationFunction MP MeshCutoff 250. Ry xc.functional GGA # Exchange-correlation functional xc.authors PBE SpinPolarized .false. ================================================== ================================================== SolutionMethod Transiesta ================================================== ================================================== # SCF variables DM.MixingWeight 0.01 DM.NumberPulay 5 MaxSCFIterations 300 # Maximum number of SCF iter DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference DM.UseSaveDM true # to use continuation files Diag.DivideAndConquer no ================================================== ================================================== # MD variables MD.FinalTimeStep 1 MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 000 MD.UseSaveXV .true. ================================================= ================================================= # Output variables WriteMullikenPop 1 WriteBands .false. SaveRho .true. SaveDeltaRho .true. SaveHS .false. SaveElectrostaticPotential .true. SaveIonicCharge .true. SaveTotalCharge .true. WriteCoorXmol .true. WriteMDXmol .true. #animation created WriteMDhistory .false. WriteEigenvalues yes ================================================== ================================================== # Parallel variables Diag.ParallelOverK .true. ProcessorY 1 ================================================== ================================================== # Transiesta information # GF OPTIONS TS.ComplexContour.Emin -30.0 eV TS.ComplexContour.NPoles 06 TS.ComplexContour.NCircle 30 TS.ComplexContour.NLine 10 # BIAS OPTIONS TS.biasContour.NumPoints 15 TS.UpdateDMCROnly .false. # TS OPTIONS TS.Voltage 0.000000 eV #Write hamiltonian TS.SaveHS .true. # LEFE ELECTRODE TS.HSFileLeft 'elec.TSHS' TS.NumUsedAtomsLeft 4 # RIGHT ELECTROD TS.HSFileRight 'elec.TSHS' TS.NumUsedAtomsRight 4 不胜感激 不胜感激~~~ |
5楼2012-10-01 23:12:09
redskywei
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