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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】transiesta关闭后可以接着原来的迭代继续算么
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redskywei

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】transiesta关闭后可以接着原来的迭代继续算么 已有4人参与

用transiesta计算时，由于挂载程序过多而内存不足退出，都已经计算到transiesta自洽迭代了：
From SIESTA: Efermi=  -4.805
qc0 :   0.000
qcn0 : 456.635
nou,NGL,NGR:        3731         832         832
TranSiesta: Qsol,Qtot:  483.480  957.000    1.000

transiesta: TSiscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)   dDmax  Ef(eV)
transiesta:   1   -25796.9060   -25694.0764   -25694.0764 85.4730 -4.8048
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF       44  118292.741  80.25
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF       44   59371.237  80.29
timer: Routine,Calls,Time,% = TS             1   28704.656  19.47
elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS             1   14364.325  19.43
TranSiesta: Qsol,Qtot:  534.939  957.000    1.000
transiesta:   2   -88127.8734    12349.9694    12349.9694228.7030 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  488.859  957.000    1.000
transiesta:   3   -56270.7540   -21245.4598   -21245.4598 99.3472 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  488.432  957.000    1.000
transiesta:   4   -55294.0759   -21317.6327   -21317.6327 55.5982 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  479.158  957.000    1.000
transiesta:   5   -53117.3585   -21539.4531   -21539.4531 41.3231 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  470.471  957.000    1.000
transiesta:   6   -52472.9078   -21585.8679   -21585.8679 46.3186 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  515.301  957.000    1.000
transiesta:   7   -55305.2639   -18966.4175   -18966.4175 84.6345 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  463.658  957.000    1.000
transiesta:   8   -47134.7254   -21236.5423   -21236.5423 51.2251 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  456.971  957.000    1.000
transiesta:   9   -44427.7347   -21318.3401   -21318.3401 46.8924 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  444.560  957.000    1.000
transiesta:  10   -43802.3646   -21233.9120   -21233.9120166.2342 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  459.526  957.000    1.000
transiesta:  11   -43144.4210   -21205.0722   -21205.0722 40.8517 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  438.813  957.000    1.000
transiesta:  12   -41201.9274   -20950.2247   -20950.2247 56.0684 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  436.696  957.000    1.000
transiesta:  13   -37944.0731   -21239.0155   -21239.0155 87.3010 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  441.258  957.000    1.000
transiesta:  14   -36116.9398   -21165.2910   -21165.2910 55.2350 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  449.885  957.000    1.000
transiesta:  15   -33992.3977   -21101.5238   -21101.5238 85.3353 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  458.481  957.000    1.000
transiesta:  16   -33016.1655   -21078.3628   -21078.3628104.3443 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  468.988  957.000    1.000
transiesta:  17   -32348.3750   -21035.2013   -21035.2013101.3979 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  482.396  957.000    1.000
transiesta:  18   -30486.7028   -21057.5577   -21057.5577 59.6814 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  482.013  957.000    1.000
transiesta:  19   -29276.6606   -21011.9338   -21011.9338 67.5077 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  510.079  957.000    1.000
transiesta:  20   -26873.0004   -20920.4854   -20920.4854 59.2618 -4.8048

另外有个小问题想问，哪个Qsol对应的电荷数是哪部分的电荷，我的这里是个分数，是电子转移到过渡层了么？


还有一个关于电极原胞尺度问题：
我给的电极基矢为：
16.198320    0.000000    0.000000
  0.000000   16.198320    0.000000
  0.000000    0.000000     4.049580

但是不知道怎么到计算散射区时，这里却有个原胞尺度为：
Begin LEFT  
unit cell:
30.6104  0.0000  0.0000
  0.0000 30.6104  0.0000
  0.0000  0.0000  7.6526
Size:       692224
Efermi:    0.0000000000000000     
GF: Spin number ->            1
Got LEFT   Electrode GF
Done
Begin RIGHT
unit cell:
30.6104  0.0000  0.0000
  0.0000 30.6104  0.0000
  0.0000  0.0000  7.6526
Size:       692224
Efermi:   -0.0000000000000000     
系统也没报错，奇怪。
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坠入无边的网~~
1楼 2010-05-19 10:55:37
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2010-05-19 12:13:25
redskywei(金币+8): 2010-05-19 14:52:09
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-05-19 03:55:37:
用transiesta计算时，由于挂载程序过多而内存不足退出，都已经计算到transiesta自洽迭代了：
From SIESTA: Efermi=  -4.805
qc0 :   0.000
qcn0 : 456.635
nou,NGL,NGR:        3731         832         83 ...

可以接着自洽迭代啊！直接设置DM.UseSaveDM           T就可以直接接着算，读取上次的*.TSDE密度矩阵，（这个是transiesta的密度矩阵），如果已经算出*.GF来了，重新计算的时候不想在计算这个了，因为这个花不少的时间。对同一个体系的话，没必要再计算一次了。这个时候就设置一下TS.CalcGF  F,这个时候就不会再计算了。你的第二个问题，可能是你对这个还不是很熟悉，或者以前没有注意过。siesta和transiesta内部执行的时候总是用的原子单位。所以那是以原子单位输出的原胞矢量。你是用的Ang做的单位吧。对于电荷的问题，我以前没有关注过，你可以到mail-list里去问一下。你要是知道了，记得告诉我奥。呵呵呵，以后多交流！

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-19 at 04:37 ]
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弘德明志博学笃行
2楼2010-05-19 11:35:55
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redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-19 11:35:55:

可以接着自洽迭代啊！直接设置DM.UseSaveDM           T就可以直接接着算，读取上次的*.TSDE密度矩阵，（这个是transiesta的密度矩阵），如果已经算出*.GF来了，重新计算的时候不想在计算这个了，因为这个花不少 ...

呵呵，多谢了。金币不多，笑纳。
我问问看吧，有消息发出来大家都看看。
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坠入无边的网~~
3楼2010-05-19 14:54:10
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mayim2008

金虫 (正式写手)
redskywei(金币+2):小张哦，记住你的名字了。呵呵 2010-05-19 21:46:45
嘿嘿，SIESTA可以中途停掉是可以接着算的，好像好加个什么命令，师兄去问问王师兄，我的笔记放在家里了，命令都忘记了~TRSIESTA应该差不多吧~
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4楼2010-05-19 18:34:19
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bumubutai

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1005721楼: Originally posted by zhangguangping at 2010-05-19 11:35:55
可以接着自洽迭代啊！直接设置DM.UseSaveDM           T就可以直接接着算，读取上次的*.TSDE密度矩阵，（这个是transiesta的密度矩阵），如果已经算出*.GF来了，重新计算的时候不想在计算这个了，因为这个花不少的 ...

嗨  您好~~~ 看了这个贴我还有个问题。  我的output和他有点像。 qsol 和qtol 的值相差很大。  我不知道是什么原因  也不知道该怎样改。 我查maillist 上说  这两个值应该比较接近的。  求指点。  多谢了。

我做的是一个nano电容的计算。 我把input贴在这里  供参考。
# SPECIES AND BASIS

# Number of species
NumberOfSpecies 3
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  12  Mg_LDA
  2  8   O_LDA
  3  79  Au_LDA
%endblock ChemicalSpeciesLabel

%block PAO.BasisSizes
Mg_LDA         SZP
O_LDA   SZP
Au_LDA  SZP
%endblock PAO.BasisSizes
PAO.BasisType split

==================================================
==================================================
# K-points

%block kgrid_Monkhorst_Pack
==================================================
==================================================
# UNIT CELL
LatticeConstant       4.31132  Ang
%block LatticeVectors < lat_AuMgOAu.dat

# Atomic coordinates
NumberOfAtoms 36
AtomicCoordinatesFormat Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies < coords_AuMgOAu.dat


==================================================
==================================================
# General variables

ElectronicTemperature  300 K
OccupationFunction    MP
MeshCutoff           250. Ry
xc.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE
SpinPolarized                .false.

==================================================
==================================================
SolutionMethod Transiesta


==================================================
==================================================
# SCF variables


DM.MixingWeight       0.01
DM.NumberPulay        5
MaxSCFIterations      300           # Maximum number of SCF iter
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
Diag.DivideAndConquer     no


==================================================
==================================================
# MD variables

MD.FinalTimeStep         1
MD.TypeOfRun                 CG
MD.NumCGsteps             000
MD.UseSaveXV              .true.

=================================================
=================================================
# Output variables

WriteMullikenPop                1
WriteBands                      .false.
SaveRho                         .true.
SaveDeltaRho                    .true.
SaveHS                          .false.
SaveElectrostaticPotential      .true.
SaveIonicCharge                 .true.
SaveTotalCharge                 .true.
WriteCoorXmol                   .true.
WriteMDXmol                     .true.  #animation created
WriteMDhistory                  .false.
WriteEigenvalues                yes


==================================================
==================================================
# Parallel variables

Diag.ParallelOverK      .true.
ProcessorY 1

==================================================
==================================================
# Transiesta information

# GF OPTIONS
TS.ComplexContour.Emin      -30.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles        06
TS.ComplexContour.NCircle       30
TS.ComplexContour.NLine         10
# BIAS OPTIONS

TS.biasContour.NumPoints        15

TS.UpdateDMCROnly               .false.

# TS OPTIONS       
TS.Voltage       0.000000 eV

#Write hamiltonian
TS.SaveHS        .true.

# LEFE ELECTRODE
TS.HSFileLeft      'elec.TSHS'
TS.NumUsedAtomsLeft    4

# RIGHT ELECTROD
TS.HSFileRight     'elec.TSHS'
TS.NumUsedAtomsRight    4

不胜感激 不胜感激~~~
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5楼2012-10-01 23:12:09
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redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1273904楼: Originally posted by bumubutai at 2012-10-01 23:12:09
嗨  您好~~~ 看了这个贴我还有个问题。  我的output和他有点像。 qsol 和qtol 的值相差很大。  我不知道是什么原因  也不知道该怎样改。 我查maillist 上说  这两个值应该比较接近的。  求指点。  多谢了。

我做 ...

我很久没算这个了，电荷的问题主要是转移，你自己检查一下是否会在电极和中心之间发生转移，看这个输入我找不出啥问题。
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坠入无边的网~~
6楼2012-10-04 10:11:24
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