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redskywei

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】transiesta关闭后可以接着原来的迭代继续算么已有4人参与

用transiesta计算时，由于挂载程序过多而内存不足退出，都已经计算到transiesta自洽迭代了：
From SIESTA: Efermi=  -4.805
qc0 : 0.000
qcn0 : 456.635
nou,NGL,NGR:       3731       832       832
TranSiesta: Qsol,Qtot:  483.480  957.000 1.000

transiesta: TSiscf Eharris(eV)    E_KS(eV) FreeEng(eV) dDmax  Ef(eV)
transiesta: 1 -25796.9060 -25694.0764 -25694.0764 85.4730 -4.8048
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF    44  118292.741  80.25
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF    44 59371.237  80.29
timer: Routine,Calls,Time,% = TS          1 28704.656  19.47
elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS          1 14364.325  19.43
TranSiesta: Qsol,Qtot:  534.939  957.000 1.000
transiesta: 2 -88127.8734 12349.9694 12349.9694228.7030 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  488.859  957.000 1.000
transiesta: 3 -56270.7540 -21245.4598 -21245.4598 99.3472 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  488.432  957.000 1.000
transiesta: 4 -55294.0759 -21317.6327 -21317.6327 55.5982 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  479.158  957.000 1.000
transiesta: 5 -53117.3585 -21539.4531 -21539.4531 41.3231 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  470.471  957.000 1.000
transiesta: 6 -52472.9078 -21585.8679 -21585.8679 46.3186 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  515.301  957.000 1.000
transiesta: 7 -55305.2639 -18966.4175 -18966.4175 84.6345 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  463.658  957.000 1.000
transiesta: 8 -47134.7254 -21236.5423 -21236.5423 51.2251 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  456.971  957.000 1.000
transiesta: 9 -44427.7347 -21318.3401 -21318.3401 46.8924 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  444.560  957.000 1.000
transiesta:  10 -43802.3646 -21233.9120 -21233.9120166.2342 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  459.526  957.000 1.000
transiesta:  11 -43144.4210 -21205.0722 -21205.0722 40.8517 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  438.813  957.000 1.000
transiesta:  12 -41201.9274 -20950.2247 -20950.2247 56.0684 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  436.696  957.000 1.000
transiesta:  13 -37944.0731 -21239.0155 -21239.0155 87.3010 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  441.258  957.000 1.000
transiesta:  14 -36116.9398 -21165.2910 -21165.2910 55.2350 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  449.885  957.000 1.000
transiesta:  15 -33992.3977 -21101.5238 -21101.5238 85.3353 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  458.481  957.000 1.000
transiesta:  16 -33016.1655 -21078.3628 -21078.3628104.3443 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  468.988  957.000 1.000
transiesta:  17 -32348.3750 -21035.2013 -21035.2013101.3979 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  482.396  957.000 1.000
transiesta:  18 -30486.7028 -21057.5577 -21057.5577 59.6814 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  482.013  957.000 1.000
transiesta:  19 -29276.6606 -21011.9338 -21011.9338 67.5077 -4.8048
TranSiesta: Qsol,Qtot:  510.079  957.000 1.000
transiesta:  20 -26873.0004 -20920.4854 -20920.4854 59.2618 -4.8048

另外有个小问题想问，哪个Qsol对应的电荷数是哪部分的电荷，我的这里是个分数，是电子转移到过渡层了么？

还有一个关于电极原胞尺度问题：
我给的电极基矢为：
16.198320 0.000000 0.000000
  0.000000 16.198320 0.000000
  0.000000 0.000000    4.049580

但是不知道怎么到计算散射区时，这里却有个原胞尺度为：
Begin LEFT
unit cell:
30.6104  0.0000  0.0000
  0.0000 30.6104  0.0000
  0.0000  0.0000  7.6526
Size:    692224
Efermi: 0.0000000000000000
GF: Spin number ->          1
Got LEFT Electrode GF
Done
Begin RIGHT
unit cell:
30.6104  0.0000  0.0000
  0.0000 30.6104  0.0000
  0.0000  0.0000  7.6526
Size:    692224
Efermi: -0.0000000000000000
系统也没报错，奇怪。

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1楼 2010-05-19 10:55:37

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zhangguangping

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★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2010-05-19 12:13:25
redskywei(金币+8): 2010-05-19 14:52:09

引用回帖:

Originally posted by redskywei at 2010-05-19 03:55:37:
用transiesta计算时，由于挂载程序过多而内存不足退出，都已经计算到transiesta自洽迭代了：
From SIESTA: Efermi= -4.805
qc0 : 0.000
qcn0 : 456.635
nou,NGL,NGR: 3731 832 83 ...

可以接着自洽迭代啊！直接设置DM.UseSaveDM T就可以直接接着算，读取上次的*.TSDE密度矩阵，（这个是transiesta的密度矩阵），如果已经算出*.GF来了，重新计算的时候不想在计算这个了，因为这个花不少的时间。对同一个体系的话，没必要再计算一次了。这个时候就设置一下TS.CalcGF F,这个时候就不会再计算了。你的第二个问题，可能是你对这个还不是很熟悉，或者以前没有注意过。siesta和transiesta内部执行的时候总是用的原子单位。所以那是以原子单位输出的原胞矢量。你是用的Ang做的单位吧。对于电荷的问题，我以前没有关注过，你可以到mail-list里去问一下。你要是知道了，记得告诉我奥。呵呵呵，以后多交流！

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-19 at 04:37 ]

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2楼2010-05-19 11:35:55

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redskywei

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引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2010-05-19 11:35:55:

可以接着自洽迭代啊！直接设置DM.UseSaveDM T就可以直接接着算，读取上次的*.TSDE密度矩阵，（这个是transiesta的密度矩阵），如果已经算出*.GF来了，重新计算的时候不想在计算这个了，因为这个花不少 ...

呵呵，多谢了。金币不多，笑纳。

我问问看吧，有消息发出来大家都看看。

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3楼2010-05-19 14:54:10

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mayim2008

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redskywei(金币+2):小张哦，记住你的名字了。呵呵 2010-05-19 21:46:45

嘿嘿，SIESTA可以中途停掉是可以接着算的，好像好加个什么命令，师兄去问问王师兄，我的笔记放在家里了，命令都忘记了~TRSIESTA应该差不多吧~

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4楼2010-05-19 18:34:19

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bumubutai

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

1005721楼: Originally posted by zhangguangping at 2010-05-19 11:35:55
可以接着自洽迭代啊！直接设置DM.UseSaveDM T就可以直接接着算，读取上次的*.TSDE密度矩阵，（这个是transiesta的密度矩阵），如果已经算出*.GF来了，重新计算的时候不想在计算这个了，因为这个花不少的 ...

嗨  您好~~~ 看了这个贴我还有个问题。  我的output和他有点像。 qsol 和qtol 的值相差很大。  我不知道是什么原因  也不知道该怎样改。我查maillist 上说  这两个值应该比较接近的。  求指点。  多谢了。

我做的是一个nano电容的计算。我把input贴在这里  供参考。
# SPECIES AND BASIS

# Number of species
NumberOfSpecies 3
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  12  Mg_LDA
  2  8 O_LDA
  3  79  Au_LDA
%endblock ChemicalSpeciesLabel

%block PAO.BasisSizes
Mg_LDA SZP
O_LDA SZP
Au_LDA  SZP
%endblock PAO.BasisSizes
PAO.BasisType split

==================================================
==================================================
# K-points

%block kgrid_Monkhorst_Pack
==================================================
==================================================
# UNIT CELL
LatticeConstant    4.31132  Ang
%block LatticeVectors < lat_AuMgOAu.dat

# Atomic coordinates
NumberOfAtoms 36
AtomicCoordinatesFormat Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies < coords_AuMgOAu.dat

==================================================
==================================================
# General variables

ElectronicTemperature  300 K
OccupationFunction MP
MeshCutoff          250. Ry
xc.functional       GGA          # Exchange-correlation functional
xc.authors          PBE
SpinPolarized .false.

==================================================
==================================================
SolutionMethod Transiesta

==================================================
==================================================
# SCF variables

DM.MixingWeight    0.01
DM.NumberPulay       5
MaxSCFIterations    300          # Maximum number of SCF iter
DM.Tolerance       1.d-4       # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM       true       # to use continuation files
Diag.DivideAndConquer    no

==================================================
==================================================
# MD variables

MD.FinalTimeStep 1
MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGsteps      000
MD.UseSaveXV       .true.

=================================================
=================================================
# Output variables

WriteMullikenPop             1
WriteBands                   .false.
SaveRho                      .true.
SaveDeltaRho                   .true.
SaveHS                         .false.
SaveElectrostaticPotential    .true.
SaveIonicCharge                .true.
SaveTotalCharge                .true.
WriteCoorXmol                .true.
WriteMDXmol                   .true.  #animation created
WriteMDhistory                .false.
WriteEigenvalues             yes

==================================================
==================================================
# Parallel variables

Diag.ParallelOverK    .true.
ProcessorY 1

==================================================
==================================================
# Transiesta information

# GF OPTIONS
TS.ComplexContour.Emin    -30.0 eV
TS.ComplexContour.NPoles       06
TS.ComplexContour.NCircle    30
TS.ComplexContour.NLine       10
# BIAS OPTIONS

TS.biasContour.NumPoints       15

TS.UpdateDMCROnly             .false.

# TS OPTIONS
TS.Voltage    0.000000 eV

#Write hamiltonian
TS.SaveHS       .true.

# LEFE ELECTRODE
TS.HSFileLeft    'elec.TSHS'
TS.NumUsedAtomsLeft 4

# RIGHT ELECTROD
TS.HSFileRight    'elec.TSHS'
TS.NumUsedAtomsRight 4

不胜感激不胜感激~~~

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5楼2012-10-01 23:12:09

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redskywei

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引用回帖:

1273904楼: Originally posted by bumubutai at 2012-10-01 23:12:09
嗨您好~~~ 看了这个贴我还有个问题。我的output和他有点像。 qsol 和qtol 的值相差很大。我不知道是什么原因也不知道该怎样改。我查maillist 上说这两个值应该比较接近的。求指点。多谢了。

我做 ...

我很久没算这个了，电荷的问题主要是转移，你自己检查一下是否会在电极和中心之间发生转移，看这个输入我找不出啥问题。

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6楼2012-10-04 10:11:24

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