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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】ms4.0 linux版 下批处理
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lishufei

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ms4.0 linux版 下批处理已有3人参与

大家用linux版ms软件计算时，是不是都是在xp系统构建好图，完了通过ip地址再把任务提到linux系统下啊？（本人是这样做的，注明，本人初学这个，纯粹的小菜鸟级别。想问下高手们是怎么做的）。大家在提任务时是不是很快就打机子内存占满，一次有很多任务的话我们就的时常关注我提的那两个任务计算完啦没？这样是不是很费时间啊。有没有一个脚本，像高斯那样一次把任务全提上叫它排队计算就行啦？谁有那个程序，脚本怎么写？
小弟非常感谢。
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1楼2010-05-18 09:43:00
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zzy870720z

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★ ★
lishufei(金币+10): 2010-05-18 10:49:33
xiaohunhun(金币+2):xiexie 2010-05-18 12:09:37
可以有两种方案

一种是装一个作业管理系统，种类很多，比如openpbs，用pbs脚本提交排队作业

另外一种是直接在Linux下提交，但是感觉很麻烦，需要先产生文件，在windows下设置好，点File->save flie，然后在里面找相应的文件，比如DMol找*.car和*.input文件，拷贝到Linux 下，最好每一个任务一个文件夹，比如叫1、2、……
里面的文件名为1.car、1.input，2.car、2.input，……
然后再建一个文本abc，在里面依次写上提交的命令
cd 1
path_to_Accelrys/MaterislsStudio40/etc/Dmol3/bin/RunDMol3.sh 1
cd ../2
path_to_Accelrys/MaterislsStudio40/etc/Dmol3/bin/RunDMol3.sh 2
……
然后依次运行
chmod +x abc
./abc
这个应该可以了，建议用前者，方便省事
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2楼2010-05-18 10:17:43
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lishufei

金虫 (正式写手)
xiaohunhun(金币+2):xiexie 2010-05-18 12:09:53
zzy870720z(金币-2):评分失误，不好意思 2010-05-18 12:30:45
[quote]Originally posted by zzy870720z at 2010-05-18 10:17:43:
可以有两种方案

一种是装一个作业管理系统，种类很多，比如openpbs，用pbs脚本提交排队作业

另外一种是直接在Linux下提交，但是感觉很麻烦，需要先产生文件，在windows下设置好，点File->save flie，然后 ... [/quote
首先谢谢前辈指点。
我想问下作业管理系统在那个能下到，是直接装在linux下？怎么操作，晚辈刚学这个不懂啊，怎样用pbs脚本提交排队作业？是在xp系统完成还是在linux系统完成啊？
麻烦前辈说的详细点。
谢谢啊
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3楼2010-05-18 10:54:15
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zzy870720z

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aylayl08(金币+3):谢谢指教 2010-05-18 17:44:24
引用回帖:
Originally posted by lishufei at 2010-05-18 10:54:15:

网上很多作业管理系统的软件，openpbs是免费的，google一下就能出来

在linux下装pbs，如果要在windows下提交
只要windows前台重新连接一下linux就行
在MS里tool下面server console里面有

然后可以在windows下提交，也可以在linux 下提交
当然windows 下提交更方便
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
4楼2010-05-18 11:06:09
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lishufei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-05-18 10:17:43:
可以有两种方案

一种是装一个作业管理系统，种类很多，比如openpbs，用pbs脚本提交排队作业

另外一种是直接在Linux下提交，但是感觉很麻烦，需要先产生文件，在windows下设置好，点File->save flie，然后 ...

按你的第二种方法，保存文件后里面有
pt.cell  pt.kptaux  pt.param  pt.trjaux  pt.xsd  SMCastep_Extension_pt.xms
这样六个文件就没有.car 和.input文件啊？
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5楼2010-05-18 11:11:30
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zzy870720z

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lishufei(金币+5): 2010-05-18 16:55:53
隐藏文件里又把
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6楼2010-05-18 11:14:56
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lishufei

金虫 (正式写手)
我的隐藏文件都是显示的，
只有那六个文件啊？
应该怎样操作请前辈具体点。
还有前辈有OpenPBS_2_3_16啊？我在网上下了一个，解压时说错误。
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7楼2010-05-18 16:55:44
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zzy870720z

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lishufei(金币+5): 2010-05-18 20:38:09
没看清楚，你用的是CASTEP吧

那需要.cell和.param文件
还需要在cell理找到需要的赝势文件
把他们放到一个文件夹下

用命令行提交要找很多文件，有点繁琐
最好还是用PBS

你的PBS有什么错误，在linux下装
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8楼2010-05-18 20:01:53
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lishufei

金虫 (正式写手)
解压就提示错误啦？
gzip: stdin: unexpected end of file
OpenPBS_2_3_16/src/gui/Ccode/xpbs_scriptload.c
OpenPBS_2_3_16/src/gui/prefsave.tk
OpenPBS_2_3_16/src/gui/priority.tk
OpenPBS_2_3_16/src/gui/qalter.tk
tar: 归档文件中异常的 EOF
tar: 归档文件中异常的 EOF
tar: 错误不可恢复：现在退出
[gan@localhost openpbs]$ OpenPBS_2_3_16[1].tar.gz
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9楼2010-05-18 20:37:14
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zzy870720z

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lishufei(金币+5): 2010-05-18 21:25:57
xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-05-19 00:05:43
直接用tar -xzvf *.tar.gz试试
还出现问题就是下的文件有问题
那就重新下载一个吧
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
10楼2010-05-18 20:44:40
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