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amo11000

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】如果要检验金属离子铅是否与某蛋白质有较好的结合能力，用哪个分子对接软件比已有1人参与

如果要检验金属离子铅是否与某蛋白质有较好的结合能力，用哪个分子对接软件比较好？

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1楼 2010-05-02 12:45:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

雪狼乖乖

木虫 (正式写手)

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性别: GG
专业: 理论和计算化学

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+6):谢谢 2010-05-04 12:26

分子对接主要是将小分子配体对接到受体的活性位点，并搜寻其合理的取向和构象，使得配体与受体的形状和相互作用的匹配最佳。
分子对接由于从整体上考虑配体与受体的结合效果，所以能较好地避免其他方法中容易出现的局部作用较好，整体结合欠佳的情况。目前具代表性的分子对接软件主要有 DOCK、F1exX和GOLD。
蛋白质与小分子对接算法中,大都将目标蛋白简化处理为刚性分子,显然这种刚性简化过程可能会造成预测结果的很大偏差，这时候就与你的计算机能力有关了。
DOCK是用得最普遍的方法，而F1exX是一种快速、精确的柔性对接算法，近几年发展很快，你可以试试后者。
它在对接时考虑了配体分子的许多构象。F1exX首先在配体分子中选择一个核心部分，并将其对接到受体的活性部位，然后再通过树搜寻方法连接其余片断。F1exX的评价函数采用改进的Bhöm结合自由能函数。F1exX的对接算法建立在逐步构造策略的基础之上，分以下三步：第一步是选择配体的一个连接基团，称为核心基团；第二步将核心基团放置于活性部位，此时不考虑配体的其他部分；最后一步称为构造，通过在已放置好的核心基团上逐步增加其他基团，构造出完整的配体分子。F1exX对接一个典型的药物分子大约需要3分钟，表明它可用于中等规模的三维数据库搜寻；此外，由于其采用了经验结合自由能函数进行评价，结果可能要优于以相互作用能为评价函数的分子对接方法。

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