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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

[交流] 【转载】VC上的小游戏:在线蛋白质折迭 简介及安装包已有2人参与

Foldit是一个实验性的蛋白质折迭电子游戏,由华盛顿大学的计算机科学和工程学系和生物化学学系(同一批人中,很多人也参与创建Rosetta@home)联合共同开发。第一个beta公开测试版在2008年5月释出。

Foldit让全世界的玩家比赛设计蛋白质,而科学家们则可以研究玩家设计的蛋白质,看看是否能运用到新药中。

该程序让用户在工具辅助解谜,就能够得出实际的蛋白质模型。每当结构被变动,一个"分数"会根据折迭的完善程度给出。Foldit用户可以创立加入小组,分享各自的方案。也有小组高分榜。

生物制造主要蛋白质结构的方式(蛋白质生物合成)在理性上已经为人类所了解,此即蛋白质DNA 测序的方法。决定蛋白质主要结构转化为功能性三围结构(蛋白质分子如何“折迭”)是更为困难的;虽然大致的程序已经为人所知,但蛋白质结构预测还是需要大量的计算。

Foldit尝试利用人脑天生的三维pattern matching能力。目前该程序出的谜题都是基于已被人们清楚了解的蛋白质;通过分析人类在解这些谜题时的直觉思考途径,研究者希望能改进现有蛋白质折迭软件所用的算法。

开发者Popovic说,“我们的目标是让任何人都能操作,即使他们根本不了解生物化学或蛋白质折迭”。

目前,这个游戏只能使用那些三维结构已被研究人员解决的蛋白质。

但Popovic说,“不久之后会引入我们还不知道解决之法的蛋白质”。

Foldit是结合众包与分布式计算所得的成果。


下载地址:
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recoli

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
interesting!
2楼2010-04-29 22:19:45
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
网格计算为科学研究提供了一种新的环境和平台,能够让科研用户在更深层次、更大范围共享信息、进行研究和开发。很多国家都开设了基于网格计算的e-Science项目。美国自然科学基金会与能源部、航天局等共同设立的科学数据全面开放访问(Full and Open Access)项目使其在科研信息化方面处于领先的位置。例如:

美国Indiana大学和Argonne国家实验室(Argonne National Laboratory,ANL)合作的XPort项目是一个围绕生物大分子X射线衍射结构分析而建立的网格系统,提供远程仪器使用规划、仪器操作、数据获取、筛选和分析等功能,用户可以远程提交任务,交互式控制任务执行,接收和分析初步运行结果以确定任务的正确性,还可以与其他用户即时交流。

欧洲的网格系统也有很多,如:

欧盟的EUDataGrid、EUROGRID、
意大利的INFN-Grid、
荷兰的DutchGrid、
北欧的NorduGrid
英国的e-Science。

网格也使得跨国、跨地区合作,商业公司与学术研究机构合作也越来越多。例如,

美国Accelrys公司、IBM公司与英国Cambridge大学等合作的MaterialsGrid系统,采用量子力学模拟计算材料物性,如弹性劲度、介电常数和光学性质等。该网格能自动搜索已有数据、计算缺失数据,构成一个巨大的动态信息共享网格。

又如,

德国Jülich研究中心、爱沙尼亚Tartu大学、英国Ulster大学、意大利Mario Negri药学研究院和匈牙利ComGenex公司共同维护的OpenMolGRID系统,为药物设计提供了从化学数据管理、分子结构优化、描述参数计算到构效关系建模的自动化无缝处理方案。

一些与科学计算相关的网格分布式计算项目
CODE:
项目名称        内容
AfricanClimate@Home        非洲区域的气候模拟
Docking@home        多尺度蛋白质-配体对接
Evolution@home        模拟物种进化与灭亡
FightAIDS@Home        帮助设计治疗艾滋病的新药物
Folding@home        蛋白质折叠过程研究
Predictor@home        用序列来预测蛋白质结构
Proteins@home        蛋白质结构预测
Rosetta@home        增强预测和设计蛋白质结构及其复合体的准确性
Superlink@Technion        研究基因链接与糖尿病、高血压、癌症、精神分裂症等的关系
XGrid@Stanford        模拟beta 2肾上腺素受体构造变化促进药理学研究

[ Last edited by yalefield on 2010-4-30 at 05:42 ]
3楼2010-04-30 05:41:43
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