| 查看: 1967 | 回复: 8 | ||||
[交流]
【求助】请问哪种方法的模拟结果更加可信？ 已有6人参与
|
|
在模拟氨基酸分子在水溶液中最稳定的分子构象时，文献中常用的方法有：DFT,ab initio, B3LYP/6-31+G, HF, MP2, MS, Discover3等，不考虑计算时间的话，请问这些方法中哪些方法的计算结果最可信（最准确）？ DFT 和MS, Discover3 相比，谁更准确？ 本人对模拟不太懂，多谢指点啊。  [ Last edited by wuli8 on 2010-4-26 at 13:22 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理 |
» 猜你喜欢
0703化学336分求调剂
已经有4人回复
-
[复试调剂]西南科技大学国防/材料导师推荐
已经有6人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有12人回复
-
211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习
已经有4人回复
-
材料专硕326求调剂
已经有5人回复
-
东南大学364求调剂
已经有5人回复
-
国自科面上基金字体
已经有7人回复
-
药学383 求调剂
已经有4人回复
-
286求调剂
已经有5人回复
-
085601求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 金属材料中，几种模拟方法的 优缺点 的比较
已经有7人回复
- Autodock对接结果可信度讨论
已经有8人回复
- 请问硕士文章应该投稿到哪种核心期刊？
已经有5人回复
- 【讨论】计算机辅助药物设计 要学编程语言 哪种更好一些！
已经有9人回复
- 【讨论】如何验证CFD的仿真结果的可靠性
已经有6人回复
- 【求助】急问各位大侠，在FLUENT中既有层流又有湍流应该选择哪种计算模型，K-e模型适�
已经有14人回复
chimegreen
木虫 (正式写手)
Dr.
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 3659.1
- 散金: 44
- 红花: 4
- 帖子: 521
- 在线: 165.3小时
- 虫号: 177844
- 注册: 2006-02-06
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2010-04-26 11:13:52
chimegreen
木虫 (正式写手)
Dr.
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 3659.1
- 散金: 44
- 红花: 4
- 帖子: 521
- 在线: 165.3小时
- 虫号: 177844
- 注册: 2006-02-06
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2010-04-26 11:14:45
y1ding
铁杆木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 61 (初中生)
- 贵宾: 0.33
- 金币: 5959.3
- 散金: 1
- 红花: 21
- 帖子: 1884
- 在线: 491.1小时
- 虫号: 142265
- 注册: 2005-12-21
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2010-04-26 16:54:08
5楼2010-04-26 19:00:35
6楼2010-04-27 02:43:01
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 1ST强帖: 4
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+3):谢谢交流！ 2010-04-27 11:02
xiaohunhun(金币+3):发钱，表扬 2010-04-27 11:59
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+3):谢谢交流！ 2010-04-27 11:02
xiaohunhun(金币+3):发钱，表扬 2010-04-27 11:59
|
hi,做分子模拟，比如模拟氨基酸的稳定构象，从热力学上讲，就是要找到自由能最低的构象。 对于一个真空中的单分子，能量就是自由能，因此只要搜索它各种可能的构象（静态），然后看看哪个能量最低即可。 在溶液中，溶质构象受到溶剂的影响，稳定构象可能不一样，自由能需要通过动态模拟确定，这就是分子动力学MD（Molecular dynamics）。分子动力学模拟的关键也是计算能量，相比较静态的方法，动态的，对溶液体相（Bulk solution）的模拟，需要精确计算氨基酸溶质和溶剂的分子间相互作用能。 因此，无论哪种方法，能量计算的精度决定了计算结果的好坏。 能量计算分为考虑电子结构的（从头算HF,MP2，密度泛函DFT, 统称第一性原理理论），不考虑电子结构的(纯经典分子力学MM，, Molecular Mechanics: 比如CHARMM, AMBER); 还有一些半经验的（AM1, PM3），介于二者之间，但是也是考虑电子结构的。 HF和DFT是两大类的从头算能量计算方法，它们通过计算电子的分布得出能量。他们的区别在于基本的思路不一样，HF从分子轨道（原子轨道的线性组合）导出能量信息，而DFT通过电子云密度导出能量信息。 前面有朋友说MP2最准确，的确是这样的。它是一种后HF(Post HF)方法。因为HF计算没有充分考虑电子相关（correlation, 简单说是电子电子相互作用），因此MP2在HF的结果上进行修正（MP2是二级微扰方法，还有MP4等高级微扰方法）。MP2是上述方法中最为耗时的计算。而DFT是计算精度与速度都比较适中的的方法。 关于B3LYP/631+G*, 这是一种基于DFT的方法，B3LYP指的是电子交换与相关的一种处理方法。631+G*是基组，即求解Schrodinger方程所用的基函数，它决定了计算的精度。还有6311++G(d,p)等等，一般来说，基组越高越好。 所有基于电子结构的能量计算都很慢，不适合于大规模的分子动力学模拟（也有从头算分子动力学，大多基于DFT），因此，一般分子动力学模拟都采用分子力学的方法计算能量。相比较HF, DFT, 分子力学(又叫分子力场force field)把分子看成是用弹簧连起来的带电小球，描述小球间相互作用的函数叫势函数，又叫分子力场force field，一个分子力场一般包括一套原子类型的定义，一套势函数，以及不同原子类型的参数。适用于生物体系模拟的分子力场有CHARMM, AMBER等。 GROMACS是一个进行分子动力学模拟的软件，你需要用它来运行模拟，包括搭建你的模拟所用的盒子，选定所用的力场，设定模拟时间，分析模拟结果等等。 Gaussian是进行电子结构计算所用的软件,可以进行HF, DFT, MP2等各种电子结构计算，也能进行一些基于分子力学的计算，但是gaussian不适合于进行分子动力学模拟计算。 如果想做基于电子结构的分子动力学模拟（第一性原理分子动力学），你需要使用VASP, ABINIT, DMOL, CPMD, cp2k 等软件，它们一般基于DFT理论。为了加速计算，它们一般把内层电子简化为一个球，只计算价层电子的结构。即使这样，第一性原理分子动力学往往需要大规模并行计算，非常昂贵。 以上是我的一些理解，供初学者参考。不对的地方，请大家指教。 [ Last edited by ChemiAndy on 2010-4-27 at 03:38 ] |
7楼2010-04-27 03:35:29
8楼2010-04-27 08:40:33
9楼2010-04-27 09:20:21
