| 查看: 733 | 回复: 5 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 wangdading 的 5 个金币 | |||
wangdading铁杆木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】请教M.Dynamix高手 已有3人参与
|
||
举个例子说吧，如果在离子液体中放入一个碳纳米管，再用软件M.Dynamix操作时会用到一个预处理过程：就是用NVE系综跑几到几十步，目的是为了除去原始构型中一些可能的原子重叠。否则就不给算。我想问问怎么样在"md.input"文件中选择NVE系综。下面的链接是我的一个md.input 文件，方便大家修改指正。 |
回复此楼» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有7人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
全日制（定向）博士
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
不自信的我
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
北核录用
已经有3人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2010-04-21 11:21:04
wangdading
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5050.6
- 散金: 69
- 红花: 3
- 帖子: 1524
- 在线: 457.1小时
- 虫号: 935543
- 注册: 2009-12-31
- 性别: GG
- 专业: 无机纳米化学
★
lei0736(金币+1):谢谢分享 2010-04-22 09:55
lei0736(金币+1):谢谢分享 2010-04-22 09:55
|
你是说软件的下载吗？在这个网址上:http://www.mmk.su.se/~sasha/mdynamix/。看来还有同行啊，很开心啊。 |
3楼2010-04-21 11:31:24
wangdading
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5050.6
- 散金: 69
- 红花: 3
- 帖子: 1524
- 在线: 457.1小时
- 虫号: 935543
- 注册: 2009-12-31
- 性别: GG
- 专业: 无机纳米化学
4楼2010-04-21 13:21:30
5楼2010-04-21 17:39:21
wangdading
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5050.6
- 散金: 69
- 红花: 3
- 帖子: 1524
- 在线: 457.1小时
- 虫号: 935543
- 注册: 2009-12-31
- 性别: GG
- 专业: 无机纳米化学
|
实话说我对系综的理解确实很少。不过我参考了不少文献，都是用到了MDynamix做得分子模拟，其中都有这么类似的话我摘抄过来了“All simulations started from a facecenteredcubic (fcc) lattice with a low density of 0.2 g/cm3. After the system was relaxed in the NVE ensemble for a few MD steps to remove the possible overlapping in the initia lconfiguration, the Nose-Hoover27 NpT ensemble was adopted with coupling constants of 700 and 100 fs, and the system density gradually increased to a reasonable value.”（文章引自J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5658-5668） TextAfter the system was relaxed in the NVE ensemble for a few MD steps to remove the possible overlapping in the initia lconfiguration [ Last edited by wangdading on 2010-4-21 at 21:34 ] |
6楼2010-04-21 21:31:39