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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】请教M.Dynamix高手
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】请教M.Dynamix高手 已有3人参与

举个例子说吧，如果在离子液体中放入一个碳纳米管，再用软件M.Dynamix操作时会用到一个预处理过程：就是用NVE系综跑几到几十步，目的是为了除去原始构型中一些可能的原子重叠。否则就不给算。我想问问怎么样在"md.input"文件中选择NVE系综。下面的链接是我的一个md.input 文件，方便大家修改指正。
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前途是光明的，道路是曲折的。
1楼 2010-04-21 11:13:34
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wangdading at 2010-04-21 11:13:34:
举个例子说吧，如果在离子液体中放入一个碳纳米管，再用软件M.Dynamix操作时会用到一个预处理过程：就是用NVE系综跑几到几十步，目的是为了除去原始构型中一些可能的原子重叠。否则就不给算。我想问问怎么样在&qu ...

请问楼主在哪里下的软件源代码？我找了半天都没有找到？
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好好学习，天天向上。
2楼2010-04-21 11:21:04
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢分享 2010-04-22 09:55
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-04-21 11:21:04:

请问楼主在哪里下的软件源代码？我找了半天都没有找到？

你是说软件的下载吗？在这个网址上:http://www.mmk.su.se/~sasha/mdynamix/。看来还有同行啊，很开心啊。
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前途是光明的，道路是曲折的。
3楼2010-04-21 11:31:24
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-04-21 11:21:04:

请问楼主在哪里下的软件源代码？我找了半天都没有找到？

不好意思，看错了。这个我也不太懂，就是服务器是Linux的，而我用的是windowsXP，用了一个软件才对服务器进行命令控制。然后打开的Input文件就是这个样子的。
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4楼2010-04-21 13:21:30
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gaussian08

银虫 (小有名气)

回答你的问题

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-21 17:58
楼主可能对分子动力学不是很了解吧，NVE系综是微正则系综，是在总能量保持不变的情况下进行模拟，其结果不能解决构型问题，一般情况下是进行正则系综NVT的模拟，也就是在一定体积和温度下，使体系的势能最小化。因此你只设定一定的温度就可以了，是体系能量逐渐降低到一个值。
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有你，有我
5楼2010-04-21 17:39:21
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by gaussian08 at 2010-04-21 17:39:21:
楼主可能对分子动力学不是很了解吧，NVE系综是微正则系综，是在总能量保持不变的情况下进行模拟，其结果不能解决构型问题，一般情况下是进行正则系综NVT的模拟，也就是在一定体积和温度下，使体系的势能最小化。因 ...

实话说我对系综的理解确实很少。不过我参考了不少文献，都是用到了MDynamix做得分子模拟，其中都有这么类似的话我摘抄过来了“All simulations started from a facecenteredcubic (fcc) lattice with a low density of 0.2 g/cm3.
After the system was relaxed in the NVE ensemble for a few MD steps to remove the possible overlapping in the initia lconfiguration, the Nose-Hoover27 NpT ensemble was adopted with coupling constants of 700 and 100 fs, and the system density gradually increased to a reasonable value.”（文章引自J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5658-5668）


TextAfter the system was relaxed in the NVE ensemble for a few MD steps to remove the possible overlapping in the initia lconfiguration

[ Last edited by wangdading on 2010-4-21 at 21:34 ]
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前途是光明的，道路是曲折的。
6楼2010-04-21 21:31:39
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