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wangdading铁杆木虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】请教M.Dynamix高手 已有3人参与
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举个例子说吧，如果在离子液体中放入一个碳纳米管，再用软件M.Dynamix操作时会用到一个预处理过程：就是用NVE系综跑几到几十步，目的是为了除去原始构型中一些可能的原子重叠。否则就不给算。我想问问怎么样在"md.input"文件中选择NVE系综。下面的链接是我的一个md.input 文件，方便大家修改指正。 |
回复此楼
2楼2010-04-21 11:21:04
wangdading
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lei0736(金币+1):谢谢分享 2010-04-22 09:55
lei0736(金币+1):谢谢分享 2010-04-22 09:55
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你是说软件的下载吗？在这个网址上:http://www.mmk.su.se/~sasha/mdynamix/。看来还有同行啊，很开心啊。 |
3楼2010-04-21 11:31:24
wangdading
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4楼2010-04-21 13:21:30
5楼2010-04-21 17:39:21
wangdading
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实话说我对系综的理解确实很少。不过我参考了不少文献，都是用到了MDynamix做得分子模拟，其中都有这么类似的话我摘抄过来了“All simulations started from a facecenteredcubic (fcc) lattice with a low density of 0.2 g/cm3. After the system was relaxed in the NVE ensemble for a few MD steps to remove the possible overlapping in the initia lconfiguration, the Nose-Hoover27 NpT ensemble was adopted with coupling constants of 700 and 100 fs, and the system density gradually increased to a reasonable value.”（文章引自J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5658-5668） TextAfter the system was relaxed in the NVE ensemble for a few MD steps to remove the possible overlapping in the initia lconfiguration [ Last edited by wangdading on 2010-4-21 at 21:34 ] |
6楼2010-04-21 21:31:39