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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】用ms计算两个分子的相互作用势
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢！ 2010-04-22 11:43
你是怎么算的呢？是只扫描了N2和O2中心距离算的单点啊。还是固定N2和O2的中心距离去做的剩余结构优化呢？还有，你这个是DMOL做出来的吧，DMOL算这个好像结果不太令人信服（就你这个体系来说）。C60不知道。
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
11楼2010-04-22 10:57:51
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zouhui1115

铁虫 (初入文坛)
谢谢楼上的耐心回答，我只扫描了N2和O2中心距离进行计算，没有做结构优化，看到一篇文献做这个的，算了两个分子之间多种构型的相互作用势，这是其中的一种，采用的是PBE函数。文章中采用的是CPMD代码计算的，但方法大概是这样，用总能量减去两个分子单独的能量，请问楼上，据你了解，是否采用CPMD代码得出的结果会令人信服一些呢？是否还有其他的软件会得出更加符合实际的结果呢？另外，C60的 结果我也用Dmol算出来了，和文献的倒是比较符合。
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12楼2010-04-22 18:19:43
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zouhui1115

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by ym23 at 2010-04-20 21:19:14:
楼主的做法得到是结合能，
似乎相互作用势不是这么定义的，我也不清楚该怎么算相互作用势，
我跟楼主一样，想知道MS如何得到相互作用势。

我算的不是结合能吧，我没有把分子拆开啊，只是改变两个分子中心间距
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13楼2010-04-23 11:23:30
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zouhui1115 at 2010-04-22 18:19:43:
谢谢楼上的耐心回答，我只扫描了N2和O2中心距离进行计算，没有做结构优化，看到一篇文献做这个的，算了两个分子之间多种构型的相互作用势，这是其中的一种，采用的是PBE函数。文章中采用的是CPMD代码计算的，但方 ...

你那篇文章是讲什么的》莫非是讲的氧气在液氮中的溶解吗？
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
14楼2010-04-24 00:24:31
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by zouhui1115 at 2010-04-22 18:19:43:
谢谢楼上的耐心回答，我只扫描了N2和O2中心距离进行计算，没有做结构优化，看到一篇文献做这个的，算了两个分子之间多种构型的相互作用势，这是其中的一种，采用的是PBE函数。文章中采用的是CPMD代码计算的，但方 ...

你C60之间的距离怎么确定呢？我想算CH2CH2CH2NH2与CO2之间的相互作用势，这个距离应该怎么确定？
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好好学习，天天向上。
15楼2010-04-24 07:54:06
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zouhui1115

铁虫 (初入文坛)
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-04-26 11:07
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-04-24 07:54:06:

你C60之间的距离怎么确定呢？我想算CH2CH2CH2NH2与CO2之间的相互作用势，这个距离应该怎么确定？

C60之间的距离就是中心之间的间距，由于是球形分子，不用考虑他们之间的角度，如果要算CH2CH2CH2NH2与CO2之间的相互作用势，除了考虑间距外还有他们之间的角度的问题，
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16楼2010-04-25 17:35:30
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wwj_0905

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
顶~同样关注
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17楼2010-04-25 23:47:21
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wwj_0905

银虫 (正式写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zouhui1115 at 2010-04-22 18:19:43:
谢谢楼上的耐心回答，我只扫描了N2和O2中心距离进行计算，没有做结构优化，看到一篇文献做这个的，算了两个分子之间多种构型的相互作用势，这是其中的一种，采用的是PBE函数。文章中采用的是CPMD代码计算的，但方 ...

我觉得你最好先对两个分子的结构分别优化，然后将优化后的结构作为你计算的对象，
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18楼2010-04-25 23:50:43
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zouhui1115

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wwj_0905 at 2010-04-25 23:50:43:



我觉得你最好先对两个分子的结构分别优化，然后将优化后的结构作为你计算的对象，

谢谢建议，我已经将两个结构分别优化了，计算结果是根据已经优化的结果得出来的。
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19楼2010-04-26 15:18:33
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薛金祥

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
当两个分子之间的距离不断增大是两分子最终会变成连个独立的孤岛分子
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20楼2010-04-27 16:36:19
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