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jiangkuo0520

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】PCR引物设计求助!!!已有5人参与

公司合成的2条引物 第一条 22BP  TM:51  第二条 53BP  TM:69
第一条引物我在PP5上测定时 TM是61.3
想进行PCR程序设定,不知道该怎么设定退火温度?谢谢!
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★
jiangkuo0520(金币+1): 2010-04-18 20:51
scelab(金币+2):欢迎多来交流!:tiger06: 2010-04-19 00:06
引用回帖:
Originally posted by jiangkuo0520 at 2010-04-18 14:41:54:

第二条引物之所以长是因为,我想通过PCR的方式在原有片段上延伸一段,不重新设计可以么?

什么意思,是说实际互补的并没有53bp,后面是长出来一段单链吗?
如果是这样,那么退火温度是根据互补的这一段算出来的吗?

反正勉强试试吧,也许能跑出来,不行再设计嘛,做个梯度,或者touch down一下
10楼2010-04-18 18:00:56
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查看全部 11 个回答

klosexs1987

金虫 (小有名气)


1949stone(金币+1): 2010-04-18 14:24
两条引物的解连温度相差太大了。。一般设计的两条引物解连温度相差应小于5度。。建议重新设计。。
2楼2010-04-18 12:55:49
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


amisking(金币+1): 2010-04-18 13:07
第二条引物怎么会这么长?有问题吧 。
如楼上所说,退火温度差距也太大了,最好是上下不超过两度
3楼2010-04-18 12:57:33
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cato8163

银虫 (正式写手)

做个梯度吧,在60度,上下10度。
4楼2010-04-18 12:58:41
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