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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】分子动力学优化
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奋斗1s

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子动力学优化 已有3人参与

我要对同源建模得到的蛋白质分子进行分子动力学优化，可以用什么软件？哪个比较好？
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1楼 2010-04-16 14:11:31
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-04-16 17:31:57:
推荐Amber

谢谢！
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3楼2010-04-19 22:07:05
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-20 15:12
引用回帖:
Originally posted by 奋斗1s at 2010-04-19 22:07:05:

谢谢！

用AMBER涉及版权，我建议如果你没买的话还是用NAMD好一些，GROMACS也不错，后者运行更快一些，而前者并行效率高一些，并且分析工具较多，如果你只是想获得一个优化的结构，建议你用GROMACS。
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4楼2010-04-20 15:00:29
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-20 15:00:29:

用AMBER涉及版权，我建议如果你没买的话还是用NAMD好一些，GROMACS也不错，后者运行更快一些，而前者并行效率高一些，并且分析工具较多，如果你只是想获得一个优化的结构，建议你用GROMACS。

我是个新手，暂时只想得到一个优化的结构，那就听您的，用Gromacs吧，呵呵，谢谢您的指导
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5楼2010-04-20 16:02:56
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