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奋斗1s

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子动力学优化 已有3人参与

我要对同源建模得到的蛋白质分子进行分子动力学优化,可以用什么软件?哪个比较好?
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zzy870720z

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-16 20:42
推荐Amber
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2010-04-16 17:31:57
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奋斗1s

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-04-16 17:31:57:
推荐Amber

谢谢!
3楼2010-04-19 22:07:05
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-20 15:12
引用回帖:
Originally posted by 奋斗1s at 2010-04-19 22:07:05:

谢谢!

用AMBER涉及版权,我建议如果你没买的话还是用NAMD好一些,GROMACS也不错,后者运行更快一些,而前者并行效率高一些,并且分析工具较多,如果你只是想获得一个优化的结构,建议你用GROMACS。
4楼2010-04-20 15:00:29
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奋斗1s

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-20 15:00:29:

用AMBER涉及版权,我建议如果你没买的话还是用NAMD好一些,GROMACS也不错,后者运行更快一些,而前者并行效率高一些,并且分析工具较多,如果你只是想获得一个优化的结构,建议你用GROMACS。

我是个新手,暂时只想得到一个优化的结构,那就听您的,用Gromacs吧,呵呵,谢谢您的指导
5楼2010-04-20 16:02:56
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