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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS discover 能加水溶液吗,已有7人参与

MS discover 能加水溶液盒子( ⊙ o ⊙ )啊!,怎么加啊,什么时候加啊
文献中加的是spc水溶液,和自己建的有什么不同?

[ Last edited by 574384607 on 2010-5-16 at 09:27 ]
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huangnana

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
xiaohunhun(金币+3):谢谢 2010-05-04 19:02:46
574384607(金币+3): 2010-05-05 07:49:28
我想问一下你的结构已优化收敛了,这个错误的结果是从何而来
顺便说一下,我也出现过这个错误,是在Discover-Dynamic后出现的,
解决办法:先用minmize优化,使能量降低,然后再用Dynamic就好了
原因:结构不太合理,比如两个原子离的太近,直接做Dynamic某些原子会因为受力太大,在下一刻不知跑到哪里去了,造成模拟上的不稳定。如出现上述错误,说明你的体系需要充分的Minemize
我始终相信球上则居中,求中则居下,求稳则完蛋
15楼2010-05-04 16:42:50
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574384607

银虫 (小有名气)

dengdainidedaolaia
3楼2010-04-27 08:02:46
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
574384607(金币+2): 2010-04-27 10:48
gavinliu7390(金币+3):鼓励新虫! 2010-04-27 11:04
构象,conformation, 简单说就是分子空间立体结构啊
http://en.wikipedia.org/wiki/Conformation

平衡构象,就是处于热力学平衡状态时的分子构象。比如,蛋白质在常温时,折叠态folding state是平衡态;高温下热变性后,去折叠态ufolding state是平衡构象。
4楼2010-04-27 08:25:22
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qasd

木虫 (著名写手)

574384607(金币+2): 2010-05-01 08:21
minimize 5000 steps then ...
7楼2010-04-30 16:54:35
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