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lanying

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】autodock 求助 已有3人参与

各位大大，帮忙啊！
我做对接时遇到的一个问题，机器提示错误：
autogrid4: ERROR:  Too many atoms in receptor PDBQT file macro.pdbqt;
autogrid4: ERROR:  -- the maximum number of atoms, AG_MAX_ATOMS, allowed is 32768.
autogrid4: ERROR:  Sorry, AutoGrid cannot continue.
怎么解决啊
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1楼 2010-04-15 10:50:44
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
lanying(金币+1): 2010-04-15 14:52
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-15 16:39
原子数太多了, 删除一些非关键部位的原子的
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2楼2010-04-15 11:33:56
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
lanying(金币+1): 2010-04-15 14:52
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-15 16:39
离Grid Box比较远的都可以删掉，直接选中box中心某一个距离意外的残基，全部删除就好了……
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3楼2010-04-15 14:34:47
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lanying

新虫 (初入文坛)
我已经删了一些残基，试过了是可行的，谢谢了。就是想再问一下，有没有其他的方法，比如可不可以通过修改内核定义的原子数的上限达到同样的目的。
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4楼2010-04-15 14:55:30
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-15 16:39
引用回帖:
Originally posted by lanying at 2010-04-15 14:55:30:
我已经删了一些残基，试过了是可行的，谢谢了。就是想再问一下，有没有其他的方法，比如可不可以通过修改内核定义的原子数的上限达到同样的目的。

关于内核方面的问题不太清楚……但既然设置了这个上限，感觉上是有原因的吧，可能超过上限会出现未知错误影响结果，建议上autodock的主页去问一下
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5楼2010-04-15 15:19:19
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