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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】求助“ARRAY B TOO SMALL FOR THIS PROBLEM”如何解决
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hurry78

禁虫 (小有名气)
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1楼 2010-04-11 17:32:50
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Justsoso

至尊木虫 (著名写手)
★
帝夫(金币+1): 2010-04-18 17:16
hurry78(金币+5):谢谢你的详细解答 2010-04-19 11:53
引用回帖:
Originally posted by hurry78 at 2010-04-15 23:03:34:
能详细一些吗？如何操作，我搜索了很多论坛，没有相关的材料

几次遇到类似的问题是所有原子一起做各向异性，就会出现如上提示；这时应在ANIS后加一个参数，比如 “anis n”，先对之后的n个原子做各向异性，一般都不会再有问题，下一轮的时候就逐步再进行，直至完成。

同样搜索了一下，网上大部分推荐用BLOC命令（链接附后），你也可以试一下。

--------------------------
http://15151.5d6d.com/redirect.php?tid=4854&goto=lastpost
用 BLOC 命令把原子分成若干个BLOC即可refine.
出现问题是因为要refine的参数太多。
BLOC 的使用可参见Shelxtl manual.

--------------------------
http://www.msg.ucsf.edu/local/programs/shelxl/HELP13.html
13.    The final step: getting esds, etc. using L.S. - why doesn't it work?

So, you want to use L.S. and get this structure finished.  But when you do, your job crashes after less than a minute and the output file has this cryptic message:

** ARRAY B TOO SMALL FOR THIS PROBLEM **

What the heck is Array B?!  Fear not.

In Chapter 2.6 of the handbook, this problem is addressed.  It says,

"For both L.S. and CGLS options, it is possible to block the refinement so that a different combination of
parameters is refined each cycle. For example after a large structure has been refined using CGLS (without
BLOC), a final job may be run with L.S. 1, DAMP 0 0 and BLOC 1 (or e.g. BLOC N_1 > LAST for a protein)
to obtain esds on all geometric parameters; the anisotropic displacement parameters are held fixed, reducing the
number of parameters by a factor of three and the cycle time by an order of magnitude."

Voila!  You're ready to publish!
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GutenTag.
7楼2010-04-18 16:15:22
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hurry78

禁虫 (小有名气)
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2楼2010-04-12 09:32:44
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
wsht212(金币+1):谢谢交流 2010-04-12 11:46
hurry78(金币+5):没有在shelxtl下解决的方法吗？用xh的非正定性原子过多，处理起来相当麻烦 2010-04-12 12:48
hurry78(金币+5):我的原子也不多，才一百多个，为何也如此呢？ 2010-04-12 12:51
wsht212(金币+1): 2010-04-19 20:38
这个跟编程有关，SHELXTL是fonture编程，有位数的限定，在XL时，同时精修的参数不能超过一定量，好像是1000。
为了精修一些大分子，如CD等，可以用子程序XH来算，不过你的计算机要好，
不然算一遍也的好几个小时。

[ Last edited by etongtong on 2010-4-12 at 11:54 ]
赞一下(2人) 回复此楼
▄︻┻┳═一................................................
3楼2010-04-12 11:37:44
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hurry78

禁虫 (小有名气)
wsht212:LZ开始上路别太着急，慢慢来会不断有收获的 2010-04-15 22:19
本帖内容被屏蔽
4楼2010-04-12 22:12:28
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