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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 已完结【求助】关于MS中构建聚合物结构的问题
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panshf

金虫 (正式写手)

[交流] 已完结【求助】关于MS中构建聚合物结构的问题 已有2人参与

我刚接触MS，现在想构建一条有机聚合物链，请问如果是纤维素类的怎么构建其结构呢？还有边界条件如何设置呢？麻烦能给出详细点儿的步骤，谢谢了

[ Last edited by panshf on 2010-5-27 at 16:46 ]
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1楼 2010-04-09 11:02:39
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qasd

木虫 (著名写手)
★
panshf(金币+1): 2010-04-09 19:11
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-10 10:11
build polymer里看看有没有你需要的单体，没有先画单体
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2楼2010-04-09 18:06:21
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panshf

金虫 (正式写手)
我画了单体了，然后我把头尾的原子选好，优化的时候总是出错，说是有两个原子的坐标什么的出错，不知道怎么搞的，所以我想有没有其他的方法构建单体
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3楼2010-04-09 19:10:46
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qasd

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-10 13:17
优化时出错？也就是建立成功了？
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4楼2010-04-10 12:28:39
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panshf

金虫 (正式写手)
是啊，单体构建好了，优化的时候我想选择pcff力场，可是优化老是出错，说是那俩原子的立场类型错误，不知道该怎么改呢。我接下来要用的就是pcff力场
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5楼2010-04-10 14:41:07
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
panshf(金币+1): 2010-04-11 10:44
panshf(金币+3): 2010-04-11 10:45
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-11 11:05
哦，那是MS自动分配时不能正确识别，手动指定原子的力场类型就好了
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6楼2010-04-11 10:14:12
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panshf

金虫 (正式写手)
谢谢你给我做的回答，还想问问就是我要设置边界条件，怎么设置呢？在哪个模块啊？
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7楼2010-04-11 10:55:14
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qasd

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-11 18:16
panshf(金币+1): 2010-04-11 19:30
panshf(金币+1): 2010-04-14 21:24
PBC么？用AC模块就行了
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8楼2010-04-11 17:44:18
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panshf

金虫 (正式写手)
那请问具体要设置哪些参数呢？您能不能帮我介绍详细一些呀？
在Amorphous Cell里的哪设置呢？
谢谢
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9楼2010-04-11 19:35:02
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